[发明专利]猪HOXA1基因在种猪遗传疾患选育改良中的应用有效
| 申请号： | 201310366944.6 | 申请日： | 2013-08-21 |
| 公开（公告）号： | CN103421799A | 公开（公告）日： | 2013-12-04 |
| 发明（设计）人： | 任军 | 申请（专利权）人： | 江西农业大学 |
| 主分类号： | C12N15/12 | 分类号： | C12N15/12;C12N15/11;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 北京聿宏知识产权代理有限公司 11372 | 代理人： | 吴大建;欧颖 |
| 地址： | 330045 江西省南*** | 国省代码： | 江西;36 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | hoxa1 基因 种猪 遗传 疾患 选育 改良 中的 应用 | ||
1.一种位于猪18号染色体上的HOXA1基因的核苷酸序列，所述序列为如下序列a）～c）之一：
a）所述核苷酸序列为如SEQ ID NO：2所示的序列；所述序列SEQ ID NO：2为在SEQ ID NO：1的序列标注位置为从5’端计的451位由G突变为TC而得的序列，其中所述SEQ ID NO：1为国际猪基因组10.2版本（Sscrofa genome Assembly10.2）中关于猪18号染色体上的HOXA1基因的参考序列；相应地，从SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：2的突变也对应于国际猪基因组10.2版本（Sscrofa genome Assembly10.2）中关于猪18号染色体上从5’端计第50111251位核苷酸由G突变为TC。
b）因果突变位点与SEQ ID NO:2中的因果突变位点相同，且与SEQ ID NO:2具有90%以上同源性且与其编码相同功能蛋白质的核苷酸序列，所述因果突变位点即序列a）中的突变位点。
c）能与序列a）或序列b）杂交的核苷酸序列。
2.一种位于猪18号染色体上的HOXA1基因的核苷酸序列，所述序列的对应于国际猪基因组10.2版本（Sscrofa genome Assembly10.2）中关于猪18号染色体上从5’端计第50111251位核苷酸已由G突变为TC。
3.一种位于猪18号染色体上的HOXA1基因的核苷酸序列，所述序列的对应于国际猪基因组10.2版本（Sscrofa genome Assembly10.2）中猪18号染色体上的HOXA1基因序列标注位置为从5’端计的451位已由G突变为TC。
4.一种如权利要求1所述的核苷酸序列SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、序列b）或序列c）或如权利要求2或3所述的核苷酸序列在与先天性外耳发育畸形相关的种猪选育中的应用。
5.一种与权利要求1所述的SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、序列b）或序列c）核苷酸序列具有90%以上同源性且与其编码相同功能蛋白质的核苷酸序列在与先天性外耳发育畸形相关的种猪选育中的应用。
6.一种与HOXA1基因的所述因果突变位点连锁不平衡程度r2大于0.8的分子标记在与先天性外耳发育畸形相关的种猪选育中的应用。
7.一种种猪遗传改良的方法，其特征在于，在种猪群中选择与权利要求1所述的因果突变位点相应的GG基因型个体，淘汰G/TC基因型和TC/TC基因型个体。
8.一种影响猪先天性外耳发育畸形的因果突变标记，其特征在于：所述因果突变标记为序列表SEQ ID NO:1所示的位于猪18号染色体上的基因的序列标注位置为451处的G451-TC451突变，对应于国际猪基因组10.2版本参考序列18号染色体上50111251bp的G50111251-TC50111251突变。
9.一种如权利要求8所述的因果突变标记在种猪遗传改良中的应用。
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