[发明专利]一种基于病毒蛋白质本体的知识导航的方法、装置

说明书

技术领域

本发明涉及知识导航技术，尤其涉及能够提供基于病毒蛋白本体的知识导航服务的技术。

背景技术

本体的一个普遍公认的概念定义为：共享概念模型的、明确的、形式化的规范说明[Studer R,Benjamins VR,Fensel D.Knowledge engineering,principles and methods.Data and Knowledge engineering[J],1998,25]，从该定义可以看出本体主要包含了4重含义：共享、概念模型、明确和形式化。简单的讲，就是用了描述一个领域内甚至更广的范围内的概念以及概念之间的关系，从而形成大家公认的，明确的概念以及关系的定义，进而实现人机以及计算机之间的交流[杜小勇,李曼,王珊.本体学习研究综述.软件学报[J],2006,(9):1837-1847]。

随着各学科领域对本体的深入研究，各领域本体的研究构建也正在迅速的趋于成熟。本体作为能在语义和知识层次上描述系统的概念模型，其目的是在于以一种通用的方式来获取领域中的知识，提供对领域概念的共同一致的理解，从而实现知识在不同的应用程序和组织之间的共享和重复利用，本体是某一领域中的术语及术语之间关系的规范说明，目前基于本体的应用目的主要是针对知识组织管理，语义网络和人工智能等方面[刘耀,穗志方.领域ontology概念描述体系构建方法探析.大学图书馆学报[J],2006,(5):28-33]。在生命科学领域，生物学不同研究领域的本体在不断被研发、构建和相继出现，如基因本体(Gene Ontology)[Gene ontology tool for the unification of biology.Gene Ontology Consortium]、蛋白本体(Protein Ontology)[Darren A Natale,Cecilia N Arighi,Winona C Barker,Judith Blake,Ti-Cheng Chang,Zhangzhi Hu,Hongfang Liu,Barry Smith and Cathy H Wu.Framework for a Protein Ontology.BMC Bioinformatics[J]2007,8(Suppl 9):S1]、序列本体(Sequence Ontology)[Karen Eilbeck and Suzanna E.Lewis.Sequence Ontology Annotation Guide.Comparative and Functional GenomicsVolume[J],2004,5,(8):642-647]以及疾病本体(Disease Ontology)[Pan Du,Gang Feng,Jared Flatow,Jie Song,Michelle Holko,Warren A.Kibbe and Simon M.Lin.From disease ontology to disease-ontology lite:statistical methods to adapt a general-purpose ontology for the test of gene-ontology associations.BioInformatics[J],2009,25(12)]等等，这些都推动了生物学领域本体的发展。将本体应用到信息整合与知识挖掘过程中，不仅能够很好的对知识进行组织分类和导航，而且能够更好地引导用户进行信息的检索分析[陈霞,魏玲玲,邱桃荣,刘萍.基于本体论的关联规则的挖掘.计算机与数字工程,2007,(2):32-34]。此外，本体为专业领域提供了一套共享的规范说明，使其术语达到了领域共识，因而能够更好地实现知识的组织、管理、导航、发现与抽取，提高知识的挖掘质量与效率[邢平平,施鹏飞,赵奕.基于本体论的数据挖掘方法.计算机工程,2001,(5)]。就目前研究现状而言，在生命科学领域，将本体应用到知识组织管理与导航的技术在国外已有过一些报道，而在国内几乎还是个空白。一个比较有名的例子是，由德国Transinsight公司和德累斯顿技术大学的生物信息集团合作，将本体同信息整合和数据挖掘相整合，联合开发了一个比较新的信息检索技术：GOPubMed[Heiko Dietze,Dimitra Alexopoulou,Michael R.Alvers,Liliana Barrio-Alvers,Bill Andreopoulos,Andreas Doms,Jo¨rg Hakenberg,Jan Mo¨nnich,Conrad Plake,Andreas Reischuck,Lo1¨c Royer,Thomas Wa¨chter,Matthias Zschunke,and Michael Schroeder.GoPubMed:Exploring PubMed with Ontological Background Knowledge.Bioinformatics for Systems Biology[J],2009,Part V,385-399]。它是一种基于GO(基因本体)和MeSH(医学主题词表)的检索技术，其将PubMed的检索结果返回到GOPubMed中，通过语义智能检索，将结果按GO和MeSH进行分类，形成临时GO和临时MeSH，最终将用户检索结果形成可视化的知识分类导航，从而提高了用户的检索效率[张士靖,杜建.GOPubMed：基于GO和MeSH的信息检索与分析研究.医学信息学杂志[J],2009,30,(7):6-11；李健康.专业化的语义智能搜索引擎GoPubMed.图书馆论坛[J],2009,(6):152-154]。