[发明专利]用于CYP2C9和VKORC1基因芯片检测的特异性引物对和探针

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学领域和核酸检测领域，具体设计用于扩增CYP2C9和VKORC1基因的特异性引物对和用于CYP2C9和VKORC1基因芯片检测的特异性探针。 

背景技术

华法林，一种双香豆素衍生物，是常用口服抗凝药物。其稳定剂量在不同种族间及个体间存在着较大差异，不同个体间稳定剂量的差异可达20倍以上。研究表明，维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位1基因(VKORC1)的基因多态性和细胞色素P4502C9基因(CYP2C9)是影响华法林用量个体差异最主要的两个遗传因素。其中，VKORC1最常见的SNP位点-1639G/A被发现与华法林用量个体差异显著相关。CYP2C9是华法林最主要的代谢酶。到目前为止，已发现的CYP2C9的等位基因有30种，其中以*1(野生型)、*2(Arg144Cys)、*3(Ile359Leu)最为常见。使用华法林前，检测使用者基因型是非常必要的。目前测定CYP2C9和VKORC1基因型的方法主要采用聚合酶链式反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)、手工或自动测序、序列特异性引物PCR等方法，操作繁琐，检测周期长，检测结果不易准确，难以满足临床检验的要求。 

近几年在高科技领域内出现的最具时代特征的重大科技进展之一便是基因芯片。用基因芯片检测CYP2C9和VKORC1基因亚型，发挥基因芯片检测操作简单、快捷、结果准确的特点，只需一次实验，就可高通量获得所有待检基因的信息。 

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于检测CYP2C9和VKORC1基因SNP位点的特异性扩增引物对和特异性寡核苷酸杂交探针。 

这组特异性寡核氨酸探针中包括（430C/T，rs1799853和1075A/C，rs1057910）位点和VKORC1（-1639G/A，rs9923231）位点，可以与CYP2C9第430位、1075位和VKORC1第-1639位不同基因型杂交，用于检测CYP2C9430C/T和1075A/C以及VKORC1-1639G/A rs9923231SNP位点。 

所述的检测位点为CYP2C9基因rs1799853的430C时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一（下划线部分为SNP位点）： 

（1）SEQ ID No.1：5'-CATTGAGGACCGTGTTCAAG-3'； 

（2）SEQ ID No.2：5'-TTGAGGACCGTGTTCAAGAG-3'； 

（3）SEQ ID No.3：5'-CATTGAGGACCGTGTTCAAGAG-3'； 

所述的检测位点为CYP2C9基因rs1799853的430T时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一（下划线部分为SNP位点）： 

（4）SEQ ID No.4：5'-CATTGAGGACTGTGTTCAAGAG-3' 

（5）SEQ ID No.5：5'-ATTGAGGACTGTGTTCAAGAGG-3' 

（6）SEQ ID No.6：5'-AGCATTGAGGACTGTGTTCAAGAG-3'； 

所述的检测位点为CYP2C9基因rs1057910的1075A时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一（下划线部分为SNP位点）： 

（7）SEQ ID No.7：5'-AGGTCCAGAGATACATTGACCTT-3' 

（8）SEQ ID No.8：5'-TCCAGAGATACATTGACCTTCTC-3' 

（9）SEQ ID No.9：5'-GTCCAGAGATACATTGACCTTCTCC-3'； 

所述的检测位点为CYP2C9基因rs1057910的1075C SNP位点时，特异性寡核苷酸探针序列含有以下核苷酸序列之一（下划线部分为SNP位点）： 

（10）SEQ ID No.10：5'-TCCAGAGATACCTTGACCTTCT-3'