[发明专利]基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组及应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及一组基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组及其应用。

背景技术

芝麻是我国重要食用油料作物之一，具较高的应用价值和营养价值。传统芝麻香油和现今冷轧芝麻烹饪油及各种芝麻食品，是人们生活中必不可少和不可替代的特色食品。芝麻富含芝麻素、芝麻酚、芝麻酚林等功能成分，具有抗病毒、杀菌、抗癌等多种功能，被广泛应用于医药和临床。

基于DNA多态性的分子标记正逐渐成为分析生物遗传多样性、亲缘关系和鉴定重要基因的有力工具，在作物遗传分析中应用较多分子标记的主要有RAPD、ISSR、AFLP等，而这些标记均是基于无基因组序列信息开发的标记技术，尽管有一定的实用性，但是标记随机性强、稳定性差。SSR技术具有共显性、重复性好等优点，是进行遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究的首选标记。基因组中一般都有大量的SSR位点，如果将基因组的所有SSR位点对供试种质一一进行分析，需要耗费大量的人力和物力。为提高SSR技术的检测效率，玉米、小麦等作物采用核心引物进行相关研究，取得了理想的效果。核心引物指均匀覆盖染色体全基因组、多态性高、稳定性强、重复性好、可作为初步研究优先选用的一套引物。基于全基因组开发SSR核心引物组已经成功应用于西瓜、谷子、棉花等作物的品种遗传关系检测，利用核心引物组检测供试材料的遗传关系和品种亲缘关系具有快速、简便、准确性高的优点。

发明内容

本发明的目的在于提供基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组。

本发明的另一个目的在于提供上述SSR核心引物组在芝麻品种资源遗传多样性分析、芝麻品种遗传系谱分析和芝麻品种鉴定的应用。

本发明的再一个目的是提供利用上述SSR核心引物组进行芝麻品种资源遗传多样性评价分析、芝麻品种遗传系谱分析或芝麻品种鉴定的方法。

为了达到上述目的，本发明采用的技术方案为：

基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组，包括32对引物，所述引物组的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1～64所示。

上述基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组在芝麻种质资源遗传多样性分析中的应用。

上述基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组在芝麻品种遗传系谱分析中的应用。

上述基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组在芝麻品种鉴定中的应用。

利用上述基于芝麻全基因组序列开发的SSR核心引物组进行芝麻种质资源遗传多样性分析、芝麻品种遗传系谱分析或芝麻品种鉴定的方法，包括如下步骤：

（1）采用CTAB法提取待测芝麻样品基因组DNA；

（2）以步骤（1）提取的待测样品DNA为模板，利用如序列表SEQ ID NO.1～64所示引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

（3）将步骤（2）的PCR扩增产物采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，银染显色，统计电泳结果；

（4）利用步骤（3）的统计结果进行芝麻种质资源遗传多样性分析、芝麻品种遗传系谱分析或芝麻品种鉴定。

按上述方案，所述PCR扩增的体系（10μl）包括10×buffer1μl，dNTPs mixture（10mM）0.2μl，上游引物（50ng/μl）1μl，下游引物（50ng/μl）1μl，Taq酶（5U/μl）0.1μl，MgCl₂（25mM）0.8μl，样品DNA模板2μl，重蒸水3.9μl，所述PCR扩增的程序为：94℃预变性4min；94℃30s；60℃30s；72℃1min，共35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。

按上述方案，所述电泳在Sequi-Gen GT核酸电泳系统（Bio-Rad，USA）中进行，以pBR322DNA/MspI为DNA分子量标准，1800伏恒压电泳80min。

所述芝麻种质资源遗传多样性分析或芝麻品种遗传系谱分析为：使用NTSYS-pc2.10e软件进行基于UPGMA法的聚类分析；使用powermarker软件计算各引物的等位基因数（Na）、PIC（多态性信息量）值。