[发明专利]一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定的方法

权利要求书

1.一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法，其特征在于具体步骤如下：

1）在Illumina GoldenGate方法获得的SNP数据库中，搜索一类和二类SNP突变位点，所述的突变位点为C/T&G/A和C/A&G/T；

2）建立子代和亲本的基因型数据库文件，利用Cervus3.0软件获得各SNP位点的遗传参数；

3）利用Cervus3.0软件，根据各位点的等位基因频率进行家系模拟鉴定分析，然后进行实际家系鉴定分析，计算候选亲本对的LOD值，选择LOD值最高且为正值的亲本对作为真正父母本，计算家系鉴定成功率。

2.根据权利要求1所述的一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法，其特征在于所述的实际家系鉴定分析的步骤包括提取亲本和子代的DNA，构建PCR反应体系，在Roche LightCycler480进行HRM分析。

3.根据权利要求2所述的一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法，其特征在于所述的实际家系鉴定分析中的PCR引物为表1中的任何一对。

4.根据权利要求2所述的一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法，其特征在于所述的实际家系鉴定分析中的PCR反应体系为10μＬ：5ng/μL模板DNA1μＬ，Roche HRM Master5μＬ，25ng/ul MgCl₂1.2～1.4μＬ，10ng/ul引物各0.2μL余量双蒸水补足；PCR扩增条件为：94℃预变性10min，94℃变性10s，62～55℃退火10s，72℃延伸5s，共35个循环，最后72℃延伸10min。

5.根据权利要求2所述的一种适用于太平洋牡蛎家系鉴定方法，其特征在于所述的实际家系鉴定分析中PCR引物的筛选方法：

1）在Illumina GoldenGate方法获得的SNP数据库中，搜索一类和二类SNP突变位点，所述的突变位点为C/T&G/A和C/A&G/T，在位点的侧翼序列利用Primer3.0设计引物；设计引物时尽量避免发卡结构、引物二聚体的出现；

2）利用Qiagen试剂盒提取个体太平洋牡蛎基因组DNA，用PicoGreen荧光染料试剂盒进行DNA的定量分析，将样品DNA浓度调整至5ng/μL，用于SNP标记的筛选和优化；

3）以定量后的DNA做模板使用Roche LightCycler480进行HRM检测，通过改变退火温度和Mg²⁺浓度筛选出扩增效率高、溶解曲线清晰的引物，并获得最优的PCR反应体系和引物的最佳退火温度。