[发明专利]制备探针及对游离核酸样本进行筛选的方法无效
申请号: | 201310701453.2 | 申请日: | 2013-12-18 |
公开(公告)号: | CN103725673A | 公开(公告)日: | 2014-04-16 |
发明(设计)人: | 田埂;郎继东;方建火;张丽娜 | 申请(专利权)人: | 田埂 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/68 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 李志东 |
地址: | 100084 北京市海*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 制备 探针 游离 核酸 样本 进行 筛选 方法 | ||
1.一种制备探针的方法,所述探针特异性识别游离核酸,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)对所述游离核酸进行测序,以便获得多个测序序列;
(2)确定所述多个测序序列的每一个的起点在参考序列上的位置,以及所述多个测序序列比对到参考序列上的每一个碱基的测序深度;
(3)将所述测序深度针对所述起点在参考序列上的位置进行作图,其中,所述测序深度为Y轴,所述起点在参考序列上的位置为X轴;
(4)确定所述步骤(3)中所得到的图中的峰所对应的参考序列上的位置,以便获得探针目的位点;
(5)基于所述探针目的位点,确定所述探针的核酸序列;以及
(6)基于所述核酸序列,合成所述探针。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述游离DNA来源于哺乳动物优选人的外周血。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,利用选自Hiseq、Miseq、Ion Torrent、Proton、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种进行所述测序。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述参考序列为人类基因组序列。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述参考序列为选自人类染色体,优选人类21号染色体、18号染色体、13号染色体、X染色体和Y染色体上的至少一段的序列。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,基于所述探针目的位点,确定所述探针的核酸序列,包括:
在所述参考序列上截取特定序列作为所述探针的核酸序列,其中,
所述特定序列包含所述探针目的位点,并且所述特定序列的长度为30~90nt。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述特定序列的长度为60nt。
8.一种对游离核酸样本进行筛选的方法,其特征在于,包括:
根据权利要求1~7任一项所述的方法,针对所述游离核酸样本,制备核酸探针;以及
利用所述核酸探针对所述游离核酸样本进行筛选。
9.根据权利要求8所述的方法,进一步包括:
对所得到的经过筛选的游离核酸进行测序。
10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,利用选自Hiseq、Miseq、Ion Torrent、Proton、SOLiD、454和单分子测序装置的至少一种进行所述测序。
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