[发明专利]一种预测强直性脊柱炎易感性的试剂盒及方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种预测强直性脊柱炎易感性的试剂及方法，更具体的说是通过测定与AS相关基因HCP5的多态性预测受试者对于强直性脊柱炎的易感性，该方法可用于疾病的辅助诊断、治疗和新药开发，属于生物技术领域。

背景技术

强直性脊柱炎（Ankylosing spondylitis，AS）是一种自身免疫性疾病，多发于16-40岁的青壮年，男女患病比例约为4～10:1。病变常首先发生于骶髂关节，少数重症患者表现为整个脊柱强直。此外，部分患者伴有不同程度的髋关节、眼、肺、心血管、肾等脊柱外病变。AS在白种人群中的发病率约为1%～3%，我国AS患病率约为0.2-0.6%，其中60%以上的患者伴有髋关节受累，致使20%以上AS患者残疾，炎症主要累及关节囊、肌腱和韧带的骨附着点，导致局部关节粘连强直，活动受限。临床上至今尚缺乏可明显缓解和控制疾病发展的药物。AS属多基因疾病，具有明显的遗传倾向，虽然通常认为遗传与免疫因素在AS发病中起主导作用，但确切的病因与发病机制仍不清楚。

目前进行AS遗传病因研究，多采用SNP作为基因组标志的关联分析方法，是有效的，已得到证明。SNP是指染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的频率需>1%，SNPs是双等位基因标记，这种单碱基变化中有70.1%为同型碱基之间的转换：如G/A或T/C，29.1%为发生在嘌呤和嘧啶之间的颠换。C（胞嘧啶）是人类基因组中最易发生变化的位点，因为大多数是甲基化胞嘧啶，能够自发脱氨基转换为T（胸腺嘧啶），SNP包含了已知多态性的80-90%，是最常见的遗传变异。

由于生存的选择压力导致SNP在单一基因和整个基因组中的分布呈不均匀性。SNPs在基因非编码区的数量是编码区的4倍，总数可达3百万个。SNP以其密度高（平均每1kb就有1个）、代表性强（位于基因内部的SNP可能直接影响蛋白质结构或表达水平）、遗传稳定性好（同微卫星多态性比较而言）、易于自动化分析（因SNP在人群中多为双等位基因标记，可简单以“＋/－或1/0”直接分型）等特点成为很好的遗传标志。

1973年，Brewerton等首先发现了与AS强相关的人类白细胞抗原-B27（HLA-B27）。随着研究的进展，与AS相关的其他易感基因如肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白介素-1（IL-1）陆续被识别。

HCP5（HLA Complex Protein5，人白细胞抗原复合体蛋白5）基因位于6q21.3，全长2635bp，含有2个外显子，其编码产物是一种长片段RNA，该基因定位于人类白细胞抗原III区域，与免疫反应及自身性免疫疾病发生发展等密切相关。

目前尚无任何关于HCP5基因与AS相关联的研究结果。

发明内容

本发明的主要目的是提供一种预测强直性脊柱炎易感性的方法。

本发明的第二个目的是提供一种预测强直性脊柱炎易感性的试剂盒，包括PCR引物和含有该引物的试剂盒。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

检测强直性脊柱炎易感性的核酸序列，为序列表SEQ ID No.1所示碱基序列。其+401位即是变异位点，以字母“Y”标示出。该核酸序列为HCP5基因全长序列。图1为HCP5基因结构及其多态性变异位点的示意图，附图中包含有2个外显子，rs192776040位点标在HCP5基因图中第2外显子区的相应位置。

一种检测强制性脊柱炎易感性的方法，检测受试者HCP5基因第2外显子区rs192776040位点的基因型，基因为CC时，受试者的易感性最低；携带T等位基因时，受试者的易感性升高。

一组检测强直性脊柱炎易感性的引物，其特征在于：能扩增得到所述的检测强直性脊柱炎易感性的核苷酸序列SEQ ID No.1，引物的核苷酸序列分别为序列表SEQ ID No.2和序列表SEQ ID No.3所示。

本发明提供了一种检测强直性脊柱炎易感性的诊断试剂盒，其中含有本发明特异性扩增HCP5基因+401位点的引物对和用于PCR扩增检测的试剂盒的常规组件、试剂、缓冲液等，本领域技术人员熟知这些常规组件和检测方法。本发明试剂盒中的全部组分、含量如下：

一种检测强直性脊柱炎易感基因的试剂盒，由以下试剂组成：

（1）10μL10×PCR缓冲液；

（2）2μL10mMdNTP混合液；

（3）2μL TaqDNA聚合酶，2unit/μL；