[发明专利]用于敲低VPS11的小分子干扰RNA、重组载体及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学、基因工程技术以及生物医药领域，具体涉及一种用于敲低VPS11的小分子干扰RNA、重组载体及其应用。

背景技术

VPS11蛋白在细胞囊泡运输过程中起着极其重要的作用，细胞囊泡运输又是细胞内及细胞间的物质运输的主要途径之一，所以研究VPS11蛋白在细胞囊泡运输中的信号通路对研究各项细胞、组织、器官及生物体生命活动都有重要意义的，而研究VPS11在信号通路中的作用有必要提供一种敲低VPS11的表达水平的方法以及稳定敲低VPS11的表达水平的细胞系。

RNA干扰（RNA interference,RNAi）可诱发的基因沉默。当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA时，该mRNA发生降解而导致基因表达沉默，是一种降低目标蛋白表达水平的有效途径。

因此，有必要提供一种采用RNA干扰技术对VPS11进行基因沉默的方法以及一种稳定敲低VPS11的表达水平的细胞系。

发明内容

为解决上述问题，本发明提供了一种用于敲低VPS11的小分子干扰RNA、shRNA、shRNA的编码DNA、重组载体、重组慢病毒和宿主细胞及应用。

本发明提供的小分子干扰RNA能直接特异性靶向VPS11的mRNA并导致mRNA降解，产生基因沉默效应；本发明提供的shRNA、shRNA的编码DNA、重组载体、重组慢病毒能通过促使宿主细胞中VPS11的mRNA降解间接地沉默VPS11的表达，降低VPS11的表达水平。

本发明涉及的英文缩写及其中文释义如下：

VPS11：所述VPS11蛋白的Genebank登录号为NM_021729.4；

mRNA：信使RNA；siRNA：小分子干扰RNA；shRNA：短发夹RNA；

VPS11-shRNA：具有靶向VPS11蛋白的信使RNA的短发夹RNA；

第一方面，本发明提供了一种小分子干扰RNA，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白VPS11的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19～27bp。

优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21～27bp。

优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。

第二方面，本发明提供了一种shRNA，所述shRNA具有如第一方面所述的小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列。

优选地，本发明第二方面提供了的一种shRNA，为具有茎环结构的单链RNA，所述shRNA具有小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列，其中，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白VPS11的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19～27bp。

优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21～27bp。

优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。

第三方面，本发明提供了一种shRNA的编码DNA，所述shRNA具有如第一方面所述的小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列。

优选地，本发明第三方面提供了的一种shRNA的编码DNA，所述shRNA具有小分子干扰RNA的正义链或反义链的核苷酸序列，其中，所述小分子干扰RNA具有与翻译突触融合蛋白VPS11的信使RNA互补的核苷酸序列，长度为19～27bp。

优选地，所述小分子干扰RNA的长度为21～27bp。

优选地，所述小分子干扰RNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示。

优选地，所述编码shRNA的DNA的含有SEQ ID NO:3或4所示的核苷酸序列。

具体地，在此优选条件下，所述SEQ ID NO:3（5’-3’）为：

GCTGTTTAAGAAGAACCTGTTCTCGAGAACAGGTTCTTCTTAAACAGC TTTTT；

所述SEQ ID NO:4（5’-3’）为：

AAAAAGCTGTTTAAGAAGAACCTGTTCTCGAGAACAGGTTCTTCTTAA ACAGC。

进一步优选地，所述SEQ ID NO:3和4所示的核苷酸序列的5’端或3’端具有酶切位点。

更进一步优选地，所述SEQ ID NO:3和4所示的核苷酸序列的5’端的酶切位点分别为AgeⅠ和EcoRⅠ。