[发明专利]用于检测和鉴定MREJ型xxi的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的序列

说明书

对序列表、表或计算机程序列表的引用

本申请连同电子格式的序列表一起提交。序列表作为名称为GENOM.114A.txt的文件提供，2013年3月14日最后保存，大小为85.6kb。信息以其全部通过引用被并入本文。

发明背景

领域

本文公开的实施方式涉及用于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)检测的分子诊断工具。

相关技术

凝固酶阳性的物种金黄色葡萄球菌(S.aureus)被充分纪录为人机会致病菌(Murray et al.Eds,1999,Manual of Clinical Microbiology,第七版,ASM Press,Washington,D.C.)。金黄色葡萄球菌引起的医院交叉感染是发病率和死亡率的主要原因。金黄色葡萄球菌引起的最常见的感染中的一些涉及皮肤，并且它们包括疖或痂、蜂窝织炎、脓疱病和在多种部位的手术后伤口感染。金黄色葡萄球菌引起的更严重的感染中的一些是菌血症、肺炎、骨髓炎、急性心内膜炎、心肌炎、心包炎、脑炎、脑膜炎、烫伤样皮肤综合征和多种脓肿。葡萄球菌肠毒素引起的食物中毒是与金黄色葡萄球菌有关的另一种重要的综合征。中毒性休克综合征，一种社区获得性疾病(community-acquired disease)，也已归于产毒的金黄色葡萄球菌的感染或定居。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)作为医院中主要的临床和流行病学问题出现于20世纪80年代(Oliveira et al.,(2002)Lancet Infect Dis.2:180-9)。MRSA抵抗所有的β-内酰胺，包括青霉素、头孢菌素、碳青霉烯和单酰胺菌素，它们是治愈金黄色葡萄球菌感染最常使用的抗生素。

MRSA感染仅可用毒性的和更昂贵的抗生素治疗，其通常用作最后的防御线。由于MRSA可通过人员在患者之间容易地播散，世界上的医院都面对控制MRSA的问题。

不久前，知道菌株抗性的唯一方法是进行手动抗菌敏感性试验。抗菌敏感性试验具有许多缺点，包括获得结果之前延长的时间(至少48小时)、缺少再现性、缺少过程标准化和使用者的错误。因此，需要发展快速和简单的MRSA检测和/或鉴定的筛选或诊断试验以减少其传播和提高感染患者的诊断和治疗。

对快速和灵敏检测MRSA的组合物和方法存在需求。

概述

本文公开的实施方式部分基于这样的发现：金黄色葡萄球菌的某些菌株，包括包含mecA同系物基因，mecALGA251的那些菌株，共有位于MRSA核酸SCCmec区右侧末端(right extremity)的相同序列，即，多态性右侧末端连接。本文提供可用于检测这些MRSA菌株的方法和组合物，其是迄今通过常规的商品化基于分子的测定不可检测的。本文还提供组合物和方法，其通常允许除MRSA菌株外的金黄色葡萄球菌的进一步(例如，同时或连续)检测，和/或mecA和/或mecALGA251的进一步检测。

因此，本文提供用于检测包含MREJ型xxi序列的MRSA的方法和组合物。一些实施方式提供用于检测具有MREJ型xxi核酸的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的组合物。MRSA可包括包含mecA同系物(mecALGA251或mecC)的葡萄球菌(Staphylococcal)盒染色体mec(SCCmec)元件，其中SCCmec盒被插入金黄色葡萄球菌染色体DNA，从而产生多态性右侧末端连接(MREJ)型xxi序列，其包括来自右侧末端的多态性序列和靠近多态性右侧末端的染色体DNA。组合物可包括第一扩增引物，其长度在10和45个核苷酸之间，并且在标准PCR条件下与MREJ型xxi核酸的多态性右侧末端序列特异地杂交。在一些实施方式中，第一扩增引物在所述标准PCR条件下与SEQ ID NO:1的核酸序列或其互补物特异地杂交。