[发明专利]用于预测肽的免疫原性的系统和方法

权利要求书

1.一种包含存储器的计算机系统，所述存储器包含：

a)肽的模型、MHCII蛋白的模型和T细胞受体的模型；和

b)用于以下的可执行程序：

(i)评估包含所述肽、所述MHCII蛋白和所述T细胞受体的复合物的分子间相互作用的强度以提供预测所述肽的免疫原性的得分；和

(ii)输出所述得分。

2.权利要求1的系统，其还包含用于显示所述复合物图像的指令。

3.权利要求1或2的计算机系统，其中所述存储器包含多种不同的肽的模型、所述MHCII蛋白的模型和所述T细胞受体的模型；并且所述存储器包含用于以下的可执行程序：

评估包含所述不同的肽的复合物的分子间相互作用的强度以提供预测所述肽的免疫原性的得分；

通过所述不同的肽的得分将它们排序；和

输出根据它们的得分排序的所述不同肽的列表，其中所述输出提供了所述肽的经排序的免疫学特征。

4.一种包含免疫原性预测程序的计算机可读存储介质，所述免疫原性预测程序包含：

a)评估包含肽、MHCII蛋白和T细胞受体的复合物的分子间相互作用的强度以提供预测所述肽的免疫原性的得分；和

b)输出所述得分。

5.权利要求4的计算机可读存储介质，其中所述评估是通过对所述复合物进行三维建模而完成。

6.权利要求4或5的计算机可读存储介质，其中所述免疫原性预测程序包含用于以下的指令：

a)评估每种均包含肽、MHCII蛋白和T细胞受体的多种复合物的分子间相互作用的强度，其中所述复合物包含不同的肽并且所述评估产生每一种复合物的得分；

b)通过所述不同的肽的得分将它们排序；和

c)输出根据它们的得分排序的所述不同肽的列表，从而提供了所述肽的免疫学特征。

7.权利要求6的计算机可读存储介质，其中所述程序还包含用于输入蛋白质序列的指令和用于沿着蛋白质的氨基酸序列移动具有确定尺寸的滑动窗口以提供所述不同的肽的指令。

8.权利要求7的计算机可读存储介质，其中所述确定尺寸的范围为9到30个氨基酸。

9.权利要求6到8的任一项的计算机可读存储介质，其中所述程序还包含鉴定具有免疫刺激性的肽的指令。

10.权利要求6到9的任一项的计算机可读存储介质，其中所述复合物不同于彼此之处还在于所述MHCII蛋白的一种或多种氨基酸序列以及所述T细胞受体的氨基酸序列。

11.权利要求6到9的任一项的计算机可读存储介质，其中所述复合物包含不同的T细胞受体，其中所述不同的T细胞受体代表个体的T细胞受体库中的至少一部分。

12.一种预测肽的免疫原性的方法，所述方法包含：

a)将所述肽的序列信息输入到包含免疫原性预测程序的系统中，所述免疫原性预测程序包含用于以下的指令：

(i)评估包含所述肽、MHCII蛋白和T细胞受体的复合物的分子间相互作用的强度，以提供预测所述肽的免疫原性的得分；和

(ii)输出所述得分；

b)执行所述免疫原性预测程序；和

c)从所述计算机系统接收得分。

13.权利要求12的方法，其中所述方法包含将两个或多个不同的肽的序列信息输入到所述计算机系统中；并接收通过它们的得分所排序的不同的肽的列表。

14.权利要求13的方法，其中所述两种或多种不同的肽代表同一蛋白的不同的片段。

15.权利要求14的方法，还包含检查所述不同的肽的列表以鉴定所述蛋白的免疫刺激片段。

16.权利要求15的方法，还包含改变所述免疫刺激片段的氨基酸序列以在将所述蛋白给予哺乳动物时降低其免疫原性。

17.权利要求15的方法，还包含改变所述免疫刺激片段的翻译后修饰以在将所述蛋白给予哺乳动物时降低其免疫原性。

18.权利要求14的方法，，还包含检查所述不同的肽的列表以鉴定所述蛋白的免疫惰性片段。

19.权利要求18的方法，还包含改变所述免疫惰性片段以在将所述蛋白给予哺乳动物时增强其免疫原性。