[发明专利]通用的核酸随机存取检测

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求保护2012年5月31日提交的美国临时申请系列号61/653,585的优先权，其整体通过引用并入本文中。

技术领域

本文提供了涉及检测样品中的核酸的技术，尤其但并非唯一地涉及与随机存取引物对文库相关的系统和方法，所述随机存取引物对文库用于配置或定制用于核酸检测的测定法。

发明背景

聚合酶链式反应(PCR)为用于酶促扩增特定DNA片段的引物指导的体外反应。Saiki，“用于诊断镰状细胞贫血的β-肌动蛋白基因组序列的酶促扩增及限制位点分析(Enzymatic Amplification of β-Actin Genomic Sequences and Restriction Site Analysis for Diagnosis of Sickle Cell Anemia)”，Science230: 1350-54 (1985)。PCR通常被认为是用于检测特定样品中的核酸的最灵敏且快速的方法。PCR为本领域所熟知并已描述于例如Mullis等的美国专利号4,683,195；Mullis的美国专利号4,683,202；Atlas等的美国专利号5,298,392；和Burg等的美国专利号5,437,990。在PCR中，提供针对各靶标的寡核苷酸引物对，其中各引物对包含与侧接靶核酸序列的5’端的序列互补的第一条核苷酸序列，以及与侧接靶核酸序列的3’端的核苷酸序列互补的第二条核苷酸序列。各寡核苷酸引物对的核苷酸序列对于特定的靶序列或者待检测的序列而言为特异的并且设计成不与其它非靶序列交叉反应。

PCR过程在从初始的少量DNA样品产生大量目的DNA片段方面的独特性质，已在生物医学研究和临床诊断领域获得广泛应用。例如，PCR已广泛用于诊断遗传病、在取证领域将证据样本个体化、以及检测细菌和病毒性病原体及潜在的生物恐怖剂。参见例如，Erlich等，“聚合酶链式反应的研究进展(Recent Advances in the Polymerase Chain Reaction)”，Science252: 1643-51 (1991)；Newton & Graham，PCR (Oxford，1994)；Sontakke，“宽范围16S rDNA PCR在临床微生物学中的用途(Use of broad range16S rDNA PCR in clinical microbiology)”，J Microbiol Methods76: 217-25 (2009)；Yang，“用于传染病的基于PCR的诊断法：用途、限制以及在急性护理情况下的进一步应用(PCR-based diagnostics for infectious diseases: uses, limitations, and future applications in acute-care settings)”Lancet Infect Dis4: 337-48 (2004)；Sninsky，“聚合酶链式反应(PCR)：用于反转录病毒检测的有价值的方法(The polymerase chain reaction (PCR): a valuable method for retroviral detection)”，Lymphology23: 92-7 (1990)；Fykse，“使用实时PCR检测空气样品中的生物恐怖剂(Detection of bioterror agents in air samples using real-time PCR)”，J ApplMicrobiol105: 351-8 (2008)。