[发明专利]用于在肝细胞癌中预后整体存活和无复发存活的方法

权利要求书

1.一种从患有HCC的受试者肝脏样本体外预后所述受试者的整体存活和/或无复发存活的方法，包括：

a)从所述肝脏样本体外测定表达谱，所述表达谱包含或由下列5个基因组成：TAF9、RAMP3、HN1、KRT19和RAN；以及

b)使用用至少一个参考HCC肝脏样本校准的算法，基于所述表达谱预后整体存活和/或无复发存活。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述表达谱还包括一种或多种内参基因。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中用于校准用来预后整体存活和无复发存活的算法的参考样本是下列：

i)对于预后整体存活：至少一个(优选几个)来自在肿瘤切除后存活至少5年的患者的HCC样本，以及至少一个(优选几个)来自在肿瘤切除后在3年内死亡的患者的HCC样本；

ii)对于无复发预后存活：至少一个(优选几个)来自在肿瘤切除后在至少4年期间没有复发的患者的HCC样本，以及至少一个(优选几个)来自在肿瘤切除后在2年内复发的患者的HCC样本。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述肝脏样本是肝脏活检或部分或整个肝脏肿瘤手术切除样本。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述表达谱在核酸水平测定。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述表达谱使用定量PCR测定。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中用于预后整体存活和/或无复发存活的算法选自PLS(偏最小二乘)回归、支持向量机(SVM)、线性回归或其衍生的算法(如缩写为GLM的广义线性模型，包括逻辑回归)、线性判别分析(LDA，包括对角线线性判别分析(DLDA))、对角二次判别分析(DQDA)、随机森林、k-NN(最近邻)以及PAM(微阵列的预测分析)算法。

8.根据权利要求7所述的方法，其中用于预后整体存活和/或无复发存活的算法是线性回归，其使用下列式：

其中：

·N表示表达谱的基因数目，

·X_i，l≤i≤N，表示包括在表达谱的N个基因的体外测量表达值,

·m_i和w_i，1≤i≤N，是用至少一个参考样本校准的固定参数，以及

·如果评分(样本X)为低于阈值T，则样本X视为是具有良好整体存活和/或无复发存活的预后，以及如果评分(样本X)大于阈值T，则样本视为具有不良整体存活和/或无复发存活预后，其中T已经用至少一个参考样本进行校准。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述表达谱是使用定量PCR来测定，所述表达值是ΔΔCt值，N为5，阈值T是零以及m_i和w_i，1≤i<5，具有下列值：

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其还包括：

a)测定至少一个与预后相关的其它变量，以及

b)使用用至少一个参考HCC肝脏样本校准的算法，基于所述表达谱和其它变量预后整体存活和/或无复发存活。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述变量选自G1-G6分类，BCLC(巴萨罗那临床肝癌)、CLIP(肝癌意大利项目)、JIS(日本综合分期)、TNM(肿瘤-结节-转移)临床分期、米兰和地铁票计算器标准、肝硬化的存在、术前AFP(甲胎蛋白)血浆水平、Edmonson分级和微血管侵润，优选所述其它变量是BCLC临床分期和肝脏样本的微血管侵润。

12.一种用于测定含有至多65个不同基因的表达谱的试剂的试剂盒，其中所述表达谱包含或由以下5个基因组成：TAF9、RAMP3、HN1、KRT19和RAN。

13.根据权利要求12所述的试剂盒，其中所述表达谱还包括一种或多种内参基因。

14.根据权利要求12或权利要求13所述的试剂盒，包括

a)特异性扩增引物和/或探针，或者

b)核酸微阵列。