[发明专利]从血浆无创测定胎儿或肿瘤的甲基化组

权利要求书

1.一种分析生物体的生物样品的方法，所述生物样品包括源自正常细胞和可能来自与癌症相关的细胞的核酸分子，其中在所述生物样品中至少一些所述核酸分子是游离的核酸分子，所述方法包含：

从所述生物样品分析多个DNA分子，其中分析DNA分子包括：

确定所述DNA分子在所述生物体的基因组中的位置；

确定所述DNA分子在一或多个位点是否甲基化；

对于多个位点中的每一者：

确定在所述位点上甲基化的DNA分子的相应数目；

基于在所述多个位点上甲基化的DNA分子的所述相应数目计算第一甲基化水平；

将所述第一甲基化水平与第一阈值比较；

基于所述比较，确定癌症等级的第一分类。

2.如权利要求1所述的方法，其中确定所述DNA分子在一或多个位点上是否甲基化包括：

进行可识别甲基化的的测序。

3.如权利要求2所述的方法，其中进行可识别甲基化的测序包括：

用亚硫酸氢钠处理所述DNA分子；以及

对所述经处理的DNA分子进行测序。

4.如权利要求3所述的方法，其中所述用亚硫酸氢钠处理所述游离DNA分子是用于检测5-羟基甲基胞嘧啶的Tet辅助的亚硫酸氢盐转化或氧化亚硫酸氢盐测序的一部分。

5.如权利要求2所述的方法，其中每个区域的DNA分子的所述相应数目可通过比对从所述可识别甲基化的测序中获得的序列读数来确定。

6.如权利要求1所述的方法，其中确定所述DNA分子在一或多个位点上是否甲基化包括使用甲基化敏感性限制酶消化、甲基化特定的PCR、甲基化依赖性的DNA沉淀、甲基化DNA结合蛋白/肽或无需亚硫酸氢钠处理的单分子测序。

7.如权利要求1所述的方法，其进一步包含：

对于所述基因组的第一多个区域中的每一者：

确定来自所述区域的DNA分子的相应数目；

计算所述相应数目的相应标准化值；

将所述相应标准化值与参考值比较以确定所述相应区域显示缺失还是扩增；

对确定为含有缺失或扩增的区域的第一量进行确定；

将所述第一量与第一阈值比较以确定癌症等级的第二分类；以及

使用所述第一分类和所述第二分类以确定癌症等级的第三分类。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述第一阈值是用于确定缺失或扩增的所述第一多个区域的百分比。

9.如权利要求7所述的方法，其中仅仅当所述第一分类与所述第二分类都指示癌症时，所述第三分类才是癌症阳性。

10.如权利要求7所述的方法，其中当所述第一分类或所述第二分类指示癌症时，所述第三分类是癌症阳性。

11.如权利要求1或7所述的方法，其中所述第一分类指示所述生物体存在癌症，所述方法进一步包含：

通过将所述第一甲基化水平与从其它生物体确定的对应值的比较，鉴别与所述生物体相关的癌症类型，其中所述其它生物体中的至少两个被鉴别为患有不同类型的癌症。

12.如权利要求11所述的方法，其中所述第三分类指示所述生物体存在癌症，所述方法进一步包含：

通过将区域的所述第一量与从所述其它生物体确定的对应值的比较，鉴别与所述生物体相关的所述癌症类型。

13.如权利要求1或7所述的方法，其中计算所述第一甲基化水平包括：

鉴别所述基因组的第二多个区域；

鉴别各个所述区域内的一或多个位点；

计算每个区域的区域甲基化水平，其中所述第一甲基化水平是针对第一区域，

所述方法进一步包含：

所述区域甲基化水平每一者与相应区域阈值比较，其包括将所述第一甲基化水平与所述第一阈值比较；

对区域甲基化水平确定为超过所述相应区域阈值的区域的第二量进行确定；以及

将区域的所述第二量与第二阈值比较以确定所述第一分类。