[发明专利]用于修饰的核苷酸的氧化剂

权利要求书

1.一种识别样本核苷酸序列中修饰的胞嘧啶残基的方法，所述方法包括：

(ⅰ)提供包括样本核苷酸序列的多核苷酸群体，所述样本核苷酸序列包含胞嘧啶残基，

(ⅱ)用金属(Ⅵ)氧基络合物处理所述群体的第一部分，

(ⅲ)用重亚硫酸盐处理所述群体的所述第一部分和所述群体的第二部分，然后

(ⅳ)识别对应于所述样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的所述群体的第一部分和第二部分中的残基。

2.根据权利要求2所述的方法，其中，所述金属(Ⅵ)氧基络合物将所述多核苷酸群体的第一部分中的5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)残基转化为5-甲酰基胞嘧啶(5fC)残基和/或5-羧基胞嘧啶(5-caC)残基。

3.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述金属(Ⅵ)氧基络合物为具有式MO₄^2-的含氧阴离子，其中，M为+6价氧化态的金属。

4.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述金属(Ⅵ)氧基络合物为锰酸根(Mn(VI)O₄^2-)、高铁酸根(Fe(VI)O₄^2-)、锇酸根(Os(VI)O₄^2-)、钌酸根(Ru(VI)O₄^2-)或钼酸根(Mo(VI)O₄^2-)。

5.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述金属(Ⅵ)氧基络合物为锰酸根(Mn(VI)O₄^2-)。

6.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，所述金属(Ⅵ)氧基络合物为钌酸根(Ru(VI)O₄^2-)。

7.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，步骤ⅱ)包括用金属(Ⅵ)氧基络合物处理多核苷酸的第一部分并对所述多核苷酸的第一部分进行纯化的多个步骤。

8.根据前述任一项权利要求所述的方法，其中，通过包括下列步骤的方法识别所述第一部分和所述第二部分中的残基：

a)在步骤ⅱ)和步骤ⅲ)之后，测序所述群体的第一部分和第二部分中的多核苷酸，以分别产生第一核苷酸序列和第二核苷酸序列，然后

b)识别对应于所述样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的所述第一核苷酸序列和所述第二核苷酸序列中的残基。

9.根据权利要求1-7任一项所述的方法，其中，通过包括下列步骤的方法识别所述第一部分和所述第二部分中的残基：

a)使所述群体的第一部分和第二部分中的多核苷酸与检测寡核苷酸接触，

其中，所述检测寡核苷酸特异性杂交至下列中的一个：ⅰ)在对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的位置处具有胞嘧啶的所述部分的多核苷酸，和ⅱ)在对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的位置处包含有尿嘧啶的所述部分的多核苷酸，然后

b)测定所述检测寡核苷酸至所述第一部分和所述第二部分中的多核苷酸的杂交；或

测定所述检测寡核苷酸与在对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的位置处的第一部分和第二部分中的多核苷酸之间的碱基错配的存在与否；

其中，所述检测寡核苷酸的杂交、或碱基错配的存在或存在与否表明对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的所述群体的第一部分和第二部分中的残基的类别。

10.根据权利要求9所述的方法，所述方法包括：

a)使所述群体的第一部分和第二部分中的多核苷酸与下述接触：

ⅰ)第一检测寡核苷酸，所述第一检测寡核苷酸特异性杂交至在对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的位置处具有胞嘧啶的所述部分的多核苷酸；和

ⅱ)第二检测寡核苷酸，所述第二检测寡核苷酸特异性杂交至在对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的位置处具有尿嘧啶的所述部分的多核苷酸，

b)测定所述第一检测寡核苷酸和所述第二检测寡核苷酸至所述第一部分和所述第二部分中的多核苷酸的杂交，

其中，所述第一检测寡核苷酸和第二检测寡核苷酸的杂交表明对应于样本核苷酸序列中胞嘧啶残基的所述群体的第一部分和第二部分中的残基的类别。