[发明专利]微泡在医学疾病和病况的诊断、预后和治疗中的用途

说明书

相关申请

本申请要求于2012年10月3日提交的美国申请号61/709,337的优先权和权益；其全部内容通过引用结合到本文中。

发明背景

丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶BRAF，RAS癌基因沿MEK/ERK信号转导途径上的一种下游效应物，已经成为用于人类癌症的诊断、预后和治疗指导的重要生物学标记。突变的BRAF V600E的高度流行意味着该突变在这些癌症亚类的发展中是重要的“驱动剂”或“共驱动剂”。此外，具有BRAF突变的癌症通常比其无突变的相对物而言更具攻击性。因此，突变的BRAF已经成为用于精确癌症治疗的极具吸引力的靶标。因此，用于诊断、预后和治疗指导的BRAF的检测在临床应用上变得越来越重要。

检测癌症突变谱、例如BRAF突变的现有技术，包括活检样品的分析和在体液例如血液中循环的突变肿瘤DNA片段的非侵袭性分析(Diehl等人, 2008)。前一种方法是侵袭性的、复杂的并可能对受试者有害。此外，在侵入性活检程序中，组织样品采自有限的区域，并因此，可能给出假阳性或假阴性，尤其在不均匀的和/或分散在正常组织中的肿瘤中。后一种方法因体液中的突变的癌DNA拷贝数极低而固有地缺乏灵敏度(Gormally等人, 2007)。因此，非常需要用于检测BRAF突变的非侵入性和灵敏的诊断方法。

发明概述

本发明解决了用于检测BRAF突变的非侵入性和高度准确的诊断方法的需求。一般而言，本发明特征在于在分离自生物样品的微泡的DNA和/或RNA中检测BRAF突变的方法。

本发明特征在于在受试者中诊断疾病或其它医学病况的方法，包括自所述受试者的生物样品中分离微泡部分，自微泡中提取DNA和/或RNA，和在提取的DNA和/或RNA中检测BRAF突变的存在或不存在，其中在提取的DNA和/或RNA中的BRAF突变的存在指示所述受试者中的疾病或其它医学病况的存在或所述受试者发展疾病或其它医学病况的更高倾向。

本发明特征在于确定用于治疗患有疾病或其它医学病况的受试者的治疗方案的方法，包括自所述受试者的生物样品中分离微泡部分，自微泡中提取DNA和/或RNA，和在提取的DNA和/或RNA中检测BRAF突变的存在或不存在，其中在提取的DNA和/或RNA中的BRAF突变的存在指示使用包含至少一种激酶抑制剂的治疗方案。在某些实施方案中，所述激酶抑制剂是RAF抑制剂或MEK抑制剂。在某些实施方案中，所述RAF抑制剂是BRAF-特异性抑制剂。在一些优选的实施方案中，所述治疗方案包含靶向突变的BRAF或来自突变的BRAF的下游信号转导的药物。例如，所述治疗方案包含威罗菲尼(vemurafenib)或达拉非尼(dabrafenib)。本发明特征在于这样的方法，其中所述疾病或其它医学病况是癌症。在某些实施方案中，所述癌症是黑素瘤、甲状腺癌、结直肠癌、卵巢癌、乳癌、脑癌、胰腺癌、肺癌、淋巴瘤或白血病。

本发明特征在于这样的方法，其中所述BRAF突变是活化突变。

本发明特征在于这样的方法，其中所述BRAF突变编码突变的BRAF多肽，其中所述突变的BRAF多肽是V600E。

本发明特征在于这样的方法，其中所述BRAF突变是T1799A。

本发明特征在于这样的方法，其中所述生物样品是体液样品。在一些方面，所述体液样品是血浆、血清、脑脊液或腹水液。在其他优选的实施方案中，所述体液样品是支气管肺泡灌洗液(BAL)和囊肿液。在一些方面，所述体液样品在以下范围内：1-25 ml，例如，2-25 ml、2-20 ml、2-15 ml、2-10 ml、4-25 ml、4-20 ml、4-15 ml、4-10 ml、6-25 ml、 6-20 ml、6-15 ml、6-10 ml、8-25 ml、8-20 ml、8-15 ml、10-25 ml、10-20 ml、10-15 ml、15-25 ml或15-20 ml。

现在将详细描述本发明的各方面和实施方案。可以理解，可以对细节进行修改，而不偏离本发明的范围。此外，除非上下文另有需要，否则单数术语将包括复数，复数术语将包括单数。

所确定的所有专利、专利申请和出版物都通过引用明确地结合到本文中，用于描述和公开例如在这些出版物中描述的方法学的目的，所述方法学可用于本发明。提供这些出版物仅为其先于本申请申请日的公开内容。在这一点上不应视为承认本发明人由于在先发明或任何其他原因而无权享有先于这样的公开内容。对日期的所有声明或对这些文件内容的表现都基于申请人可得的信息而不构成对这些文件的日期或内容的准确性的任何承认。