[发明专利]用于从混合物富集突变核酸的化合物和方法

权利要求书

1.一种从样品富集核酸混合物中的靶核酸序列变体的方法，所述靶核酸以两种变体序列的形式存在，其中所述变体在单个核苷酸位置处不同，所述方法包括：

提供包括所述靶核酸序列的样品，其中所述要富集的变体在大量过量的其它变体中以低丰度存在于所述样品中；

提供与所述靶核酸序列的一条链互补的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸在所述单个核苷酸位置处具有与要富集的变体的错配且在所述单个核苷酸位置处与所述其它变体完美匹配；

提供适合于所述寡核苷酸与所述靶核酸杂交的条件，以产生由所述寡核苷酸和所述靶核酸序列的任一种变体的一条链组成的双链体多核苷酸；

使所述双链体多核苷酸与连接至亲和标记物的错配嵌入化合物接触以产生反应混合物，其中所述错配嵌入化合物能够结合所述含有错配的双链体多核苷酸且不能结合所述不含有错配的双链体多核苷酸；

使所述反应混合物经历亲和基质，所述亲和基质识别和结合所述错配嵌入化合物上的亲和标记物；

洗涤所述反应混合物和使所述亲和基质与未结合所述亲和基质的所有材料分离；和

提供缓冲液以从所述亲和基质洗脱核酸，和收集洗脱的含有富集的靶核酸序列变体的缓冲液。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述具有亲和标记物的错配嵌入化合物是Rh(bpy)₂(phzi)(PEG3-生物素)³⁺。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述要富集的变体是突变体等位基因，且其它变体是野生型等位基因。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述突变体等位基因是突变体EGFR等位基因，且所述野生型等位基因是野生型EGFR等位基因。

5.一种用于从样品检测核酸混合物中的靶核酸序列的突变体等位基因的方法，其中所述突变体等位基因在单个核苷酸位置处与野生型等位基因不同且在大量过量的野生型等位基因中以低丰度存在于所述样品中，所述方法包括：

富集所述样品中的突变体等位基因，其中所述富集如下进行：

提供与所述靶核酸序列的一条链互补的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸在所述单个核苷酸位置处具有与所述突变体等位基因的错配且在所述单个核苷酸位置处与所述野生型等位基因完美匹配；

提供适合于所述寡核苷酸与所述靶核酸杂交的条件，以产生由所述寡核苷酸以及所述突变体等位基因或所述野生型等位基因的一条链组成的双链体多核苷酸;

使所述双链体多核苷酸与连接至亲和标记物的错配嵌入化合物接触以产生反应混合物，其中所述错配嵌入化合物能够结合所述含有错配的双链体多核苷酸且不能结合所述不含有错配的双链体多核苷酸；

使所述反应混合物经历亲和基质，所述亲和基质识别和结合所述错配嵌入化合物上的亲和标记物；

洗涤所述反应混合物和使所述亲和基质与未结合所述亲和基质的所有材料分离；和

提供缓冲液以从所述亲和基质洗脱核酸，和收集洗脱的含有富集的突变体等位基因的缓冲液；

扩增所述富集的突变体等位基因；和

检测富集的扩增的突变体等位基因的产物或从所述富集的扩增的突变体等位基因产生的信号。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述具有亲和标记物的错配嵌入化合物是Rh(bpy)₂(phzi)(PEG3-生物素)³⁺。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其中所述突变体等位基因是突变体EGFR等位基因，且所述野生型等位基因是野生型EGFR等位基因。

8.根据权利要求5-7中的任一项所述的方法，其中所述扩增步骤用等位基因特异性的引物进行。