[发明专利]条形编码核酸

权利要求书

1.一种制备带双重条形码的核酸分子的方法，所述方法包括：

(a)使茎-环寡核苷酸的一条链与核酸分子的至少一端结合以形成第一条形码结合的核酸分子，其中所述茎-环寡核苷酸包含分子内反向重复序列和环，并且其中所述反向重复序列包含所述第一条形码；

(b)通过链置换或通过切口平移聚合将所述茎-环寡核苷酸的一条链从所述第一条形码结合的核酸分子中置换以形成带第一条形码的核酸分子；

(c)使引物与所述带第一条形码的核酸分子退火，其中所述引物包含与所述带第一条形码的核酸分子互补的第一部分和包含第二条形码的第二部分；以及

(d)使所述退火的引物延伸以形成带双重条形码的核酸分子，所述带双重条形码的核酸分子包含所述第二条形码、所述第一条形码、以及所述核酸分子的至少一部分。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述引物的第一部分与所述带第一条形码的核酸分子中的所述第一条形码退火。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述引物的第一部分与所述带第一条形码的核酸分子中的所述第一条形码的一部分退火。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述引物的第一部分不在所述带第一条形码的核酸分子中的所述第一条形码内退火。

5.如权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括使茎-环寡核苷酸的一条链与所述核酸分子的每一端结合。

6.如权利要求5所述的方法，其中附接到所述核酸分子的每一端的所述茎-环寡核苷酸的分子内反向重复序列包含相同的序列。

7.如权利要求5所述的方法，其中附接到所述核酸分子的每一端的所述茎-环寡核苷酸的分子内反向重复序列不包含相同的序列。

8.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸分子是基因组DNA、cDNA、扩增的DNA、核酸文库、或其片段。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述茎-环寡核苷酸是茎-环寡核苷酸群。

10.如权利要求1所述的方法，其中所述茎-环寡核苷酸的环包含可裂解的碱基。

11.如权利要求10所述的方法，其中所述可裂解的碱基是脱氧尿苷。

12.如权利要求10所述的方法，其中所述可裂解的碱基在步骤(b)之前被裂解以产生无碱基位点。

13.如权利要求1所述的方法，其中使茎-环寡核苷酸的一条链与核酸分子的至少一端结合被进一步限定为使所述茎-环寡核苷酸衔接子的3'端与所述核酸分子的5'端连接。

14.如权利要求1所述的方法，其中所述引物是引物群。

15.如权利要求1所述的方法，其中延伸包括引物延伸或聚合酶链反应。

16.如权利要求1所述的方法，其进一步包括对所述带双重条形码的核酸分子的至少一部分的扩增。