[发明专利]确定体细胞突变原因的方法

说明书

本发明主要涉及确定诱变剂引起的核酸分子靶向体细胞突变已经发生的可能性的方法，和确定诱变剂是核酸分子的靶向体细胞突变的原因的可能性的方法。本发明还涉及受试者患癌症的诊断方法和/或确定受试者已经或将患癌症的可能性，治疗癌症患者或癌症高危人群的方法。在另一方面，本发明涉及识别核酸分子基序的方法，此基序通过诱变剂识别或是诱变剂的目标。

技术领域

本发明通常涉及确定诱变剂引起的核酸分子靶向体细胞突变已经发生的可能性的方法，和确定诱变剂是核酸分子的靶向体细胞突变的原因的可能性的方法。本发明还涉及受试者患癌症的诊断方法和/或确定受试者患或将患癌症的可能性，治疗癌症患者或癌症高危人群的方法。在另一方面，本发明涉及识别核酸分子基序的方法，此基序被诱变剂识别或靶向。

相关申请

本申请要求2012年11月5日提交的题为“体细胞突变相关疾病的诊断方法”的澳大利亚临时申请2012904826；2012年11月13日提交的题为“体细胞突变相关疾病的诊断方法和数据库系统”的澳大利亚临时申请2012904940和2013年4月12日提交的题为“少量体细胞突变的诱变相关疾病的诊断方法”的澳大利亚临时申请2013901253的优先权。澳大利亚临时申请2012904826，2012904940和2013901253的主题通过引用的方式整体并入本文。

背景技术

正常细胞发展成癌细胞受多种因素的影响，包括免疫系统，激素状态，基因表达和组织间的信号的改变。癌症的发展的一个特别重要的因素是体细胞突变，它在大多数(如果不是全部)组织类型的癌症中作用。

各种基因体细胞突变的累积与癌症的发展直接相关。这已经通过体细胞突变增加的各种动物模型证明，例如，受损的DNA聚合酶的校对或DNA修复与加速肿瘤进展相关(参加例如Venkatesan et al.(2007).Mol.Cell.Biol.27:7669-7682；and Albertson(2009)Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.106,17101-17104)。各种基因体细胞突变的增加的与多种癌症有关。例如，在TP53基因的体细胞突变是癌症中最常见的基因变异。几乎所有类型的癌症有TP53体细胞突变，从突变率为38％-50％卵巢癌，食管癌，结肠直肠癌，头颈癌，喉癌和肺癌，到突变率为5％的初级白血病，肉瘤，睾丸癌，恶性黑色素瘤，和子宫颈癌，和晚期或侵袭性癌症亚型(如三阴性或HER2扩增的乳腺癌)，都与TP53体细胞突变频率增加有关(reviewed in Olivier et al.(2010)Cold Spring Harb Perspect Biol2:a001008)。与癌症相关的体细胞基因突变积累包括，例如，BRAF，RAS，KRAS2和NRAS，虽然癌症体细胞获得性突变在线数据库cosmic包括25000多个基因。

环境因素可引起体细胞突变，例如香烟烟雾、紫外线和辐射，和/或生物因子或进程，如染色体易位，DNA错配修复或未修复和酶启动体细胞超突变(SHM)。确定体细胞突变的原因和范围不仅可以帮助诊断与体细胞突变相关的条件或预测开发这样条件的风险，而且还可以协助发展最合适的治疗或预防方案。因此，需要精确的方法确定体细胞突变的存在和哪些诱变剂引起受试者体细胞突变。

发明内容

本发明部分基于确定诱变剂导致核酸分子一个特定密码子背景发生体细胞突变的偏好。因此，尽管已经知道一些诱变剂作用于基序，如本文所述这些基序的诱变主要发生在一个特定密码子背景，这一过程本文称靶向体细胞突变。通过识别所述基序的密码子背景，本发明人已经制定了用于确定所述类型的靶向体细胞突变已经发生的方法和确定一个或多个特定诱变剂是核酸分子的靶向体细胞突变的原因的方法。已经建立了。通过评定靶向体细胞突变的实例确定确定诱变剂靶向的基序的通用方法并在本文描述。