[发明专利]通过引物延伸合成探针库有效

专利信息
申请号: 201380074318.8 申请日: 2013-03-05
公开(公告)号: CN105026578B 公开(公告)日: 2019-03-15
发明(设计)人: 迈克尔·鲁沃洛;艾米丽·马林·勒普鲁 申请(专利权)人: 安捷伦科技有限公司
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806;C12Q1/6876;C12N15/11
代理公司: 北京东方亿思知识产权代理有限责任公司 11258 代理人: 李晓冬
地址: 美国加利*** 国省代码: 美国;US
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摘要:
搜索关键词: 通过 引物 延伸 合成 探针
【权利要求书】:

1.一种方法,其包括:

a)使包含具有下式:

V1-B-3’

的顶链序列的寡核苷酸的第一群体与包含具有下式:

V2’-B’-3’

的底链序列的寡核苷酸的第二群体杂交以提供双链体的群体;其中:

B和B’的核苷酸序列互补且它们的长度为至少15个核苷酸;

所述第一群体的每种寡核苷酸的B的核苷酸序列相同;

所述第二群体的每种寡核苷酸的B’的核苷酸序列相同;

V1的核苷酸序列在所述第一群体的寡核苷酸之间是可变的;

V2’的核苷酸序列在所述第二群体的寡核苷酸之间是可变的,且

V1和V2’与参考基因组中的不同位点杂交,

B和B’不与参考基因组杂交;和

b)使所述双链体中寡核苷酸的3’末端延伸以产生双链产物的群体,所述双链产物包含具有下式:

V1-B-V2

的顶链序列,其中V2与V2’互补。

2.权利要求1所述的方法,其中:

所述寡核苷酸的第一群体包含具有下式:

F-V1-B-3’

的顶链序列;所述寡核苷酸的第二群体包含具有下式:

R’-V2’-B’-3’

的底链序列;并且所述双链产物的群体包含具有下式:

F-V1-B-V2-R

的顶链序列,其中F的互补物和R提供正向和反向引物的结合位点,所述正向和反向引物能够被用于扩增所述双链产物的群体以产生PCR产物的群体。

3.权利要求2所述的方法,其还包括:

c)使用所述正向和反向引物PCR扩增所述双链产物的群体以产生所述PCR产物的群体。

4.权利要求3所述的方法,其还包括:

d)将所述PCR产物的群体的所述顶链与底链分离以产生与所述基因组中多个位点杂交的单链晕环探针的群体。

5.权利要求4所述的方法,其中所述反向引物是5’-磷酸化的且所述分离通过使用核酸外切酶降解所述双链产物的群体的底链来实现。

6.权利要求5所述的方法,其中所述核酸外切酶是λ核酸外切酶。

7.权利要求1所述的方法,其中所述基因组是哺乳动物基因组。

8.权利要求1所述的方法,其中B的核苷酸序列的长度为至少15个碱基。

9.权利要求1所述的方法,其中V1和V2’的核苷酸序列的长度为至少25个核苷酸。

10.权利要求1所述的方法,其中所述寡核苷酸的第一群体包含至少10种寡核苷酸且所述寡核苷酸的第二群体包含至少10种寡核苷酸。

11.权利要求1所述的方法,其中V1和V2序列邻近参考基因组中限制酶的切割位点杂交。

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