[发明专利]确定核酸混合物中核酸组成的方法

权利要求书

1.一种确定包含第一核酸和第二核酸的总核酸混合物中核酸组成的方法，其中，所述第一核酸和所述第二核酸来源不同，所述方法用于非诊断目的，其特征在于，所述方法包括：

1)利用重亚硫酸盐对所述总核酸混合物进行处理，以便将所述总核酸混合物中的非甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶，并获得经过转化的总核酸混合物；

2)利用第一扩增引物组和第二扩增引物组，对所述经过转化的总核酸混合物进行多重荧光定量PCR，以便捕获扩增预定核酸片段，获得所述预定核酸片段的甲基化扩增产物和非甲基化扩增产物的比例R，其中，所述第一核酸和所述第二核酸均含有所述预定核酸片段，所述第一核酸中的预定核酸片段和所述第二核酸中的预定核酸片段的甲基化水平存在差异，所述第一扩增引物组特异性识别经过转化的预定核酸片段，所述第二扩增引物组特异性识别未经转化的预定核酸片段，并且预先确定所述预定核酸片段在第一核酸中的甲基化比例为M₁，所述预定核酸片段第二核酸中的甲基化比例为M₂；以及

3)基于所述预定核酸片段的甲基化扩增产物和非甲基化扩增产物的比例R，所述预定核酸片段在第一核酸中的甲基化比例为M₁，所述预定核酸片段在第二核酸中的甲基化比例为M₂，确定总核酸混合物中的核酸组成；

其中，在步骤(3)中，基于公式ε＝(M₂+RM₂-R)/[R(M₂-M₁)-(M₁-M₂)]，确定总核酸混合物中的第一核酸含量ε。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述总核酸混合物为孕妇血浆DNA，所述第一核酸为胎儿DNA，所述第二核酸为孕妇DNA。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一核酸为癌细胞DNA，所述第二核酸为非癌细胞DNA。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，M₁为M₂的至少10倍。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，M₁为M₂的至少50倍。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，M₁为M₂的至少90倍。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，M₁为M₂的至少100倍。

8.根据权利要求4～7任一项所示的方法，其特征在于，在步骤(3)中，基于公式ε＝R/[M₁R+M₁]，确定总核酸混合物中的第一核酸含量ε。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述预定核酸片段包括一个或者多个位于不同染色体上的核酸片段。

10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述预定核酸片段包括一个或者多个位于不同基因上的核酸片段。

11.根据权利要求10所述的方法，其特征在于，所述预定核酸片段为选自下列基因的至少一部分：

RASSF1A，SERPINB5，C21orf63，OLIG2，CBR1，SIM2，DSCAM，TRPM2，C21orf29，COL18A1，AIRE，ERG，CD48，FAIM3，ARHGAP25，BMP3，VIM，NDRG4，TFPI2，SFRP2，SEPT9，SELPLG。