[发明专利]检测生物分子的变化的方法和检测生物调控分子的变化的方法有效

专利信息
申请号: 201410003967.5 申请日: 2014-01-03
公开(公告)号: CN103729578B 公开(公告)日: 2017-02-15
发明(设计)人: 李雷;王琳 申请(专利权)人: 中国科学院数学与系统科学研究院
主分类号: G06F19/20 分类号: G06F19/20
代理公司: 北京润平知识产权代理有限公司11283 代理人: 李婉婉,张苗
地址: 100190 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 检测 生物 分子 变化 方法 调控
【权利要求书】:

1.一种检测生物分子的变化的方法,该方法包括:

(1)用生物芯片或者高通量测序分别测量处理样品和对照样品,分别获得处理数据和对照数据;

(2)使用对照数据对处理数据进行正规化,以获得无偏的基因表达差异数值;

其中,在正规化中,在处理数据和对应的对照数据之间建立线性样条模型,用稳健统计估计法估计线性样条模型的参数;使用具有参数的线性样条模型校正处理数据中的数值,将校正后的数值作为正规化后的数值。

2.根据权利要求1所述的方法,其中,处理数据和对照数据均来自生物芯片,处理数据和对照数据中的数值均对应于生物芯片中的探针的空间位置而排列;将处理数据和对照数据分别按空间位置的排布分隔为多个矩形子集,相邻的矩形子集存在介于0-99%的重叠;在处理数据的矩形子集和对应的对照数据的矩形子集之间建立线性样条模型,用稳健统计估计法估计线性样条模型的参数;使用具有参数的线性样条模型校正处理数据的矩形子集中的数值,将校正后的数值作为正规化后的数值。

3.根据权利要求1或2所述的方法,其中,所述矩形子集的行数和列数分别大于5,且行数和列数的乘积大于100。

4.根据权利要求1或2所述的方法,其中,线性样条模型如式(1)所示:

A=a+b0*B+Σi=1nbi*B*I(B>ci)]]>   式(1)

式(1)中,a、b0、bi(i=1,…,n)分别为参数,n为任意正整数,A、B分别为对照数据构成的列向量和处理数据构成的列向量,I(B>ci)为示性函数列向量,该示性函数列向量的元素值当B中相应元素大于ci时为1,当B中相应元素小于等于ci时为0,每个ci为全体处理数据测量值的一个分位数,而且ci随i的增大而增大;

利用式(2)估计正规化之后的处理数据:

B=a^+b^0*B+Σi=1nb^i*B*I(B>ci)]]>  式(2)

式(2)中,分别为在式(1)中经过S估计得到的参数值。

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