[发明专利]一种梨果实横径主效QTL位点的SNP标记方法及其应用

权利要求书

1.一种与梨果实横径主效QTL位点的SNP标记引物，其特征在于：

正向引物TD-F   5’-GATCCCTCTTGCAGTTCCCAA-3’

反向引物TD-R   5’-GACCGCAATTGGCAGAACAAA-3’

该引物用来检测登录号为AJSU00000000的梨基因组序列scaffold355.0的第17705个碱基处是否存在一个与梨果实横径相关的QTL位点Pyb11_398，同时检测QTL位点Pyb11_398上的多态性表达果实横径大小的差异，该位点位于第11连锁群的108.87 cM处，其解释了遗传变异的19.15%，对应的SNP标记为Pyb11_398，LOD值为4.66。

2.权利要求1所述引物用于检测梨果实横径主效QTL位点的SNP标记方法，其特征在于：

HRM 反应体系按照 LightCycler^? 480 High Resolution Melting Master 试剂盒中的说明书进行，HRM 分析是在LightCycler^? 480Ⅱ 荧光定量PCR 仪上进行；

10 μL反应体系：含有2 ng · μL^-1 梨基因组DNA 模板，1 × Master Mix，2.0 mmol · L^-1 MgCl₂，0.2 mmol · L^-1 权利要求1所述的引物；

扩增程序采用降落式PCR：95 ℃预变性10 min，然后95 ℃ 变性10 s、60 ~ 55 ℃，每循环下降0.5 ℃，退火15 s、72 ℃ 延伸12 s的程序进行45 个循环；如果扩增产物序列大小在287 bp，则表明存在一个与梨果实横径相关的QTL位点Pyb11_398；

PCR 循环结束后进行熔解，其程序为：95 ℃ 1 min， 40 ℃ 1 min， 65 ℃ 1 s，再从 65 ℃ 连续升温至95 ℃，每升高0.04℃，收集荧光1 次，最后降温至40 ℃；

最后，在LightCycler^? 480Ⅱ 的Gene Scanning 软件中1.5 version自动生成扩增产物的不同颜色和线型的熔解曲线，分别以已知梨果实横径相关的QTL位点Pyb11_398上表达的果实横径大的品种和表达的果实横径小的品种为对照，检测QTL位点Pyb11_398上的多态性表达果实横径大小的差异，如果未知品种得到的扩增产物的熔解曲线与对照的颜色相同、线型相似，则表示在梨果实横径主效QTL位点Pyb11_398上的多态性表达的果实横径大小和对照相似。

3. 根据权利要求2所述的方法，所述的已知与梨果实横径相关的QTL位点Pyb11_398上表达的果实横径大的品种为‘砀山酥梨’， 表达的果实横径小的品种为‘八月红’。

4.权利要求1所述引物在梨分子育种中的应用。

5.权利要求2或3所述方法在梨分子育种中的应用。