[发明专利]一种虾夷扇贝生长性状相关的SNP位点及其检测和应用

说明书

技术领域：

本发明属于分子育种遗传标记筛选技术领域，具体涉及一种虾夷扇贝生长性状相关的SNP位点及其检测和应用。

背景技术

胰岛素样生长因子（Insulin-like growth factor,IGFs）系统具有调控细胞生长、分化及凋亡的重要作用，对生物体多种组织的生长至关重要。该系统主要包括2个IGF配体(IGF-I和IGF-II)，两个IGF受体(IGF-IR和IGF-IIR)，以及至少6个IGF结合蛋白(IGFBP)。血清中，IGF与IGFBP的结合力等于甚至高于其与IGF受体的结合力，因此，IGFBP是IGF活性的主要调控者。IGFBP携带IGF因子到达细胞表面，通过蛋白水解等作用释放IGF因子与受体结合，将信号传递到核内，影响细胞的生长和分化。除了调节IGF的生物活性，IGFBP还可通过不依赖于IGF的方式调控细胞生长。

目前，对IGF系统的研究主要集中在脊椎动物，在双壳类动物中也有零星报道，并且发现IGF系统具有调节双壳类的生长的功能。虾夷扇贝是我国重要海产经济贝类，培育生长性状优良的高产品种是提高其经济效益的重要途径之一，获得与扇贝生长性状相关的基因及基因位点可辅助高产扇贝的选育。目前，在扇贝中与生长相关的基因及基因位点的报道较少，且未见IGF系统基因的相关研究。

发明内容

本发明的目的是提供一种虾夷扇贝生长性状相关的SNP位点及其检测和应用，即通过克隆虾夷扇贝IGFBP基因，并筛查出基因中与壳高、壳长、体重、软体重和闭壳肌重等重要生长性状相关的SNP位点，为高产虾夷扇贝的选育提供SNP标记。

本发明首先提供一种虾夷扇贝IGFBP基因，该基因编码的氨基酸序列为SEQ ID NO:1；

所述的基因，其核苷酸序列为SEQ ID NO:2；

本发明另一个方面提供一种与虾夷扇贝生长性状相关的SNP位点，所述的位点为核苷酸序列为SEQ ID NO:2的IGFBP基因的1054位，其碱基为A或G；

本发明还提供用于检测上述SNP位点的探针及分型引物：

探针IGFB5Ppb1（SEQ ID NO:3）

5′-ATTCACTAGAAGACGGTATAGTAGAGCTTGGA-3′；

分型引物为IGFBP5sf1（SEQ ID NO:4）

5′-TTGACCTGGACCAGTTCATTCCTC-3′；

IGFBP5sr1（SEQ ID NO:5）

5′-TAACACGAAGCAAGCTCTACTATAC-3′。

通过对虾夷扇贝中IGFBP基因的转录序列进行测序和Clustal比对，筛查到3个SNP位点。运用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM)技术在虾夷扇贝群体中检测位点多态性，并分析位点基因型频率与扇贝生产性状间的相关性。位点C.1054A>G与虾夷扇贝壳高、壳长、体重、软体重和闭壳肌重等重要生长性状显著相关，AG型个体的上述生长性状均显著低于AA和GG型个体（P<0.05），且GG型的性状值最高。因此，在生产中可优先选择在该位点基因型为GG型的个体，作为高产扇贝选育的亲本或者进行规模养殖，避免选择该位点为AG型个体作为亲本或者进行规模养殖，也应避免选择该位点分别为AA型和GG型的亲本进行杂交。

附图说明

图1：虾夷扇贝IGFBP基因全长cDNA序列及其编码的氨基酸序列图；

其中下划线的碱基位置为SNP位点。

具体实施方式：

本发明在虾夷扇贝转录组文库中筛选获得IGFBP基因的cDNA序列片段，利用cDNA末端快速扩增（RACE）技术获得该基因的cDNA全长序列。该基因cDNA全长1468bp，其中ORF长度为375bp，编码125个氨基酸，预测蛋白分子量1.42KD，等电点为8.51；5’UTR长度为206bp，3’UTR长度为887bp。蛋白序列中包含12个与脊椎动物同源蛋白高度保守的半胱氨酸（图1）。