[发明专利]利用基因表达谱筛选动物不同组织差异基因的方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其是一种利用基因表达谱筛选动物不同组织差异基因的方法。 

背景技术

基因芯片是生物芯片的一种，经过标记的待测样本DNA通过与芯片上特定位置的探针杂交，根据减基互补配对的原则确定IEDNA序列，经激光共聚集显微镜扫描，以计算机系统对荧光信号进行比较和检测，并迅速得出所需的信息,，从而对这些基因表达的个体特异性、组织特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性等进行综合的分析和判断，迅速将某个或几个基因与性状联系起来，极大地加快这些基因功能的确定，其最显著的特点是高通量、高集成、微型化、多样化和自动化。自1995年斯坦福大学Schena等在美国《科学》杂志发表第一篇利用基因芯片技术研究基因表达谱的文章以来以来，该技术在国内外引起广泛关注和重视，近年来，以高密度基因芯片为核心的基因组学技术迅速发展，已广泛应用到畜牧学等各个领域，展示出了其动物性状关键功能基因筛选等方面巨大的市场开发潜力。 

例如，牛肉是主要的畜产品之一，具有高蛋白、低脂肪、维生素及矿物质含量丰富，含有人类所必需氨基酸等特点，是一种营养价值较高的保健型食品。随着人们膳食结构的不断变化及对健康的日益关注，牛肉品质受到了前所未有的重视，优质、高档牛肉供不应求。国内外已经有较多将芯片技术应用于牛上的研究。 

发明内容

本发明的目的是：提供一种利用基因表达谱筛选动物不同组织差异基因的方法，它具有灵敏度高、检测数量多、操作简单等优点。 

本发明是这样实现的：利用基因表达谱筛选动物不同组织差异基因的方法，采用全基因组表达谱芯片技术多通量筛选动物各组织差异基因和调控通路。 

具体是，从屠宰的动物尸体上采集不同组织的样品；分别从样品上提取RNA，将提取的RNA纯化获得mRNA，再将mRNA反转录合成双链cDNA,并纯化；用生物素标记cRNA后，将其与全基因组表达谱芯进行杂交，然后进行扫描和分析，再将获得的数据进行差异表达基因的筛选，最后采用实时荧光定量PCR技术进行验证。 

由于采用了上述技术方案，本发明采用全基因组表达谱芯片结合生物信息学技术对动物不同组织样品转录谱进行比对分析，筛选到了影响动物不同组织的一些重要基因和调控通路，得到不同组织间的差异表达基因、相应的基因功能注释、信号通路和代谢通路，为从转录水平揭示动物不同组织间差异形成的分子机制提供依据。本发明简单可靠，成本低廉，使用效果好。 

附图说明

附图1为关岭牛芯片数据结果的PCA分析； 

附图1中右上角文字说明从上至下为：LD:背最长肌，Hindsin:后展肌，liver：肝脏，SI:小肠，Heart:心脏， adipose:脂肪；

附图2为组织特异表达基因cluster聚类，取信号值变异(CV)最大的前10000个基因做非监督聚类；

附图2中横坐标应为对应解释为，Heart:心脏，LD:背最长肌，Hindsin:后展肌，liver：肝脏，SI:小肠，adipose:脂肪；纵坐标从上至下依次为，3.00，2.00，1.00，-1.00，-2.00，-3.00，Heart:心脏，LD:背最长肌，Hindsin:后展肌，liver：肝脏，SI:小肠，adipose:脂肪；

附图3为组织特异表达基因cluster聚类，组织特异表达基因k-means聚类（6 clusters，均值）；

附图3中，横坐标从左到右依次为：adipose:脂肪，SI:小肠，Heart:心脏，liver：肝脏，LD:背最长肌，Hindsin:后展肌；

附图4为组织特异表达基因k-means聚类，组织特异表达基因k-means聚类（4 clusters，均值）；

附图4中，横坐标从左到右依次为：adipose:脂肪，SI:小肠，Heart:心脏，liver：肝脏，LD:背最长肌，Hindsin:后展肌；

附图5为组织特异表达基因k-means聚类，组织特异表达基因k-means聚类（4 clusters，信号值）；

附图5中，横坐标从左到右依次为：adipose:脂肪，SI:小肠，Heart:心脏，liver：肝脏，LD:背最长肌，Hindsin:后展肌；

附图6为clusters所属基因的分子功能注释，脂肪组织特异性表达基因的GO通路；