[发明专利]稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记、标记方法、引物与用途

权利要求书

1.一种稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记，其特征在于：该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1。

2.一种PCR扩增权利要求1所述的稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记的扩增引物，其特征在于：所述的PCR扩增引物为下列引物对，其核苷酸序列为 5’→3’

    正向引物：GTACATGTTTCATACCC，SEQ ID NO.2；

反向引物：TAGTTTAGTCGCCTAA，SEQ ID NO.3。

3.权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记在Pi-ta抗性位点的基因分型或者Pi-ta基因的辅助选择育种中的用途。

4.权利要求1所述的稻瘟病抗病基因Pi-ta辅助育种的InDel分子标记的功能标记方法，其特征在于，其步骤如下：

（1）引物设计：根据对含Pi-ta抗性基因的7个品种SEQ ID NO.4- SEQ ID NO.10，即Tetep,C101PKT,C101A51,Pi-4,Tequing,Katy,F-124-1进行测序，并与日本晴序列进行比对分析，发现在Pi-ta基因的2373位点处，感病品种“日本晴”有一个“T”插入，由此，在此SNP前后设计一对PCR引物,正向引物：GTACATGTTTCATACCC，反向引物：TAGTTTAGTCGCCTAA ，PCR扩增的产物在Pi-ta抗性基因为44 bp, 感病基因为45 bp；（2）DNA提取：按CTAB法提取水稻基因组DNA；

（3）PCR扩增 ：PCR扩增反应体系为：2 X TaqMaster Mix 12.5 μl，10 μmol/L上游引物1 μl,  10 μmol/L下游引物1 μl，模板DNA 1 μl，反应总体积25 μl；反应程序为：94℃预变性5 min, 94℃变性30s, 48℃退火30s, 72℃延伸20s，35个循环，72℃延伸10 min，4℃保存；

（4）PCR产物电泳：配制12%的PAGE，取步骤3扩增所得的PCR产物2.0 μl，以DNAMARKERDL500作为分子量对照，亲本分型采用双垂直电泳槽，在170V恒压下电泳1:30小时，F2分型采用垂直电泳槽，在100V恒压下电泳10:00小时；银染显示DNA条带；

（5）电泳图谱分析：用凝胶成像系统拍照，通过比对DNAMarker找到目标条带，根据片段大小判断抗感基因。