[发明专利]与奶牛乳脂率性状相关的分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及动物分子标记领域，具体地说，涉及一种与奶牛乳脂率性状相关的TRAPPC9基因作为分子标记的应用。

背景技术

乳脂是存在于乳汁中的一种天然的高质量脂肪，相比于其他脂肪，乳汁更易被人体消化吸收，其消化率可达98%。在牛奶生产中，乳脂在牛奶中的含量越高牛奶的营养价值也越高。目前，乳脂率是衡量牛奶品质的一个重要指标，其含量的高低直接关系到奶牛生产的经济效益。

随着分子遗传学、分子生物学技术和数量遗传学的发展，分子遗传标记和标记辅助选择被广泛地应用到畜禽育种中，并取得了巨大的成就。Snapshot测序技术是一种基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目，其主要原理是将测序酶、四种荧光标记的ddNTP、紧邻多态位点的延伸引物和PCR产物模板按一定体系混合，引物延伸一个碱基即终止，经测序仪检测，根据峰的颜色可以得知参与反应的碱基种內，从而判断样本在该位点的基因型。该方法具有分型准确、通量高、不受SNP位点多态性特性限制和样本个数限制等优点。

转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9,trafficking protein particle complex9)基因是人常染色体隐性精神发育迟滞智力障碍相关的基因，其编码的蛋白转运蛋白颗粒复合体9参与内质网到高尔基体的囊泡转移和神经细胞的分化，其编码的蛋白也叫做NIBP（NIK and IKKβ-binding protein），参与膜泡运输过程，同时具有增强TNF-α活化NF-κB信号通路的功能。NF-κB是重要的核转录因子，参与调控大量基因表达，在细胞生存、增殖、分化和凋亡过程中发挥着重要的生物学功能。目前关于TRAPPC9基因多态性对乳脂率的影响还没有报道。

发明内容

为了解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种与奶牛乳脂率性状相关的分子标记及其应用。

为了实现本发明目的，本发明首先提供一种与奶牛乳脂率性状相关的分子标记，其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1所示，在第204位有1个T204-G204碱基突变，导致奶牛乳脂率性状出现多态性。

进一步地，所述碱基突变的位点位于TRAPPC9基因的第七内含子的57bp处。

本发明还提供了用于扩增所述分子标记的引物对，其核苷酸序列如下：

正向引物F：5’-TCTTCTCTTTTGACCCTACAG-3’；

反向引物R：5’-GGTTTCAAGTTCTGACTCCAG-3’。本发明还提供了前述分子标记在中国荷斯坦奶牛乳脂率标记辅助选择中的应用。

进一步地，所述应用包括如下步骤：

1）取待检测奶牛的基因组DNA；

2）以基因组DNA为模板，利用所述引物对进行PCR扩增，获得中国荷斯坦奶牛TRAPPC9基因上274bp的目的片段；

3）利用SnaPshot技术检测PCR产物，如果扩增产物序列中204bp处为T，则待测奶牛属于乳脂率高的中国荷斯坦奶牛优势品种。

其中，所述步骤2）中PCR反应体系为25μL，其中100ng/μL基因组DNA模板1μL，10pmol/μL引物F和R各1μL，12.5μL Premix TaqTM，9.5μL ddH₂O。

其中，所述步骤2）中PCR反应条件为：95℃预变性10min；94℃变性30s，60℃复性30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min；降温至4℃保持。

其中，所述步骤3）中利用SnaPshot技术检测PCR产物，具体步骤为：取步骤2）获得的PCR产物3ul用ExoI和FastAP纯化，主要是用ExoI去除反应产物中的剩余引物，用FastAP去除反应中剩余的DNTP，纯化后利用SNP分型延伸引物进行延伸，延伸之后上机进行测序。如果测序结果如图1左图所示，为TT型，则待测奶牛属于高乳脂率的中国荷斯坦奶牛优势个体，出现如图1中图和右图所示，即TG或GG型，则为普通个体。

本发明通过对中国荷斯坦奶牛TRAPPC9基因的SNP位点进行基因分型，利用SAS9.1软件的GLM过程把基因分型结果与奶牛的乳脂率进行关联分析发现TT型个体的乳脂率极显著高于GG型个体（P<0.05）。该位点的发现为进行分子育种提供了新的标记。

进一步地，所述SNP分型延伸引物的核苷酸序列为：

5’-TTTTTTTTTTTTTTTTAGCAAAACCAGATGGACTTGTG-3’。