[发明专利]一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学检测技术领域，涉及一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）又称河蟹，是我国重要的甲壳类经济动物。长期以来，河蟹养殖过程中普遍存在着一龄蟹种的性早熟问题。性早熟幼蟹在培育过程中性腺当年发育成熟，这些性早熟蟹种不能顺利蜕壳，体重增长缓慢甚至停滞，绝大多数在翌年4～5月期间死亡，不能再继续饲养至2龄成蟹规格。性早熟一龄蟹的大量存在不仅造成饵料的巨大浪费，而且由于其外形与大规格蟹种较为相似，如果在挑选蟹种时不慎将性早熟个体用于后续商品蟹养殖，将给生产带来巨大的损失。目前的研究认为，河蟹性早熟的发生机制非常复杂，可能与内在的遗传因素和多种外部环境因素有关，但是其形成的确切机理还不清楚。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术中的上述不足，提供一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记。

本发明的另一目的是提供该SNP标记的应用。

本发明的目的可通过如下技术方案实现：

一种与中华绒螯蟹性早熟性状相关的SNP标记，该SNP位于蜕皮抑制激素基因MIH（Genbank登录号AY310313）的3’‐UTR区，具体位置为3088bp处，碱基变异信息为SNP A3088T T>G。

其中，所述的SNP标记，蜕皮抑制激素基因MIH3088bp处SNP位点GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性显著高于TT基因型个体。

本发明所述的SNP标记在预测中华绒螯蟹性早熟风险中的应用。

一种预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，通过检测所述的SNP标记，预测中华绒螯蟹性早熟风险。

所述的预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，优选通过检测所述的SNP标记，该位点GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性较TT基因型个体显著提高，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

所述的预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，可进一步优选不同河蟹个体的基因组DNA，采用以PCR为基础的限制性片段长度多态法PCR‐RFLP对不同个体进行基因分型，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

所述的PCR‐RFLP中使用的PCR上游引物为SEQ ID NO.1，下游引物为SEQ IDNO.2；使用的限制性内切酶为SspI限制性内切酶。

所述的PCR‐RFLP中，酶切后进行电泳，GG基因在359b p处有特异性条带，TT基因型在192bp和167bp处有特异性条带，TG基因型在359bp、192bp以及167bp处有特异性条带。

所述的预测中华绒螯蟹性早熟风险的方法，还可进一步优选提取不同河蟹个体的基因组DNA，PCR扩增含有所述SNP标记的基因片段，通过直接测序获得所述SNP标记的序列，从而预测中华绒螯蟹性早熟风险。

用于鉴定本发明所述的SNP标记的PCR引物，上游引物为SEQ ID NO.1，下游引物为SEQ ID NO.2。

有益效果：

本发明提供了一种与河蟹性早熟性状密切相关的SNP标记及其应用，其位于编码河蟹MIH基因序列的3’‐UTR区（T>G；3088bp处）。性状‐基因型关联性分析结果表明，该SNP变异与河蟹的性早熟性状之间存在着显著的相关性，其中GG基因型河蟹个体表现出性早熟性状的风险性较TT基因型个体高2.175倍。本发明河蟹性早熟相关基因的多态性SNP标记，可用于后续与河蟹性早熟性状相关的遗传育种研究。

附图说明

图1中华绒螯蟹SNP A3088T位点基因分型情况。

图1A.酶切后电泳图谱及测序结果，其中泳道1为marker；泳道2为GG基因

型（359bp）；泳道3和5为TT基因型（192bp；167bp）；泳道4为TG基因型（359bp；

192bp以及167bp）。图1B.为三种基因型个体MIH基因PCR扩增产物经直接测序所得到的测序图谱。

具体实施方式

实施例1

（1）检测方法：采用常规的酚氯仿法提取不同河蟹个体的基因组DNA，采用以PCR为基础的限制性片段长度多态法（PCR‐RFLP）对不同个体进行基因分型；

PCR反应条件：