[发明专利]猪流行性腹泻病毒荧光定量PCR检测方法及其引物有效
申请号: | 201410146551.9 | 申请日: | 2014-04-14 |
公开(公告)号: | CN103866050A | 公开(公告)日: | 2014-06-18 |
发明(设计)人: | 杨志彪;侯怡轩;谢春;赵玉婷;袁聪俐;崔立;华修国 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学 |
主分类号: | C12Q1/70 | 分类号: | C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11 |
代理公司: | 上海交达专利事务所 31201 | 代理人: | 王毓理;王锡麟 |
地址: | 200240 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 流行性 腹泻 病毒 荧光 定量 pcr 检测 方法 及其 引物 | ||
1.一种用于检测猪流行性腹泻病毒的引物,其特征在于,包括如Seq ID No.1所示的上游引物序列PEDV-P1、如Seq ID No.2所示的下游引物序列PEDV-P2及如Seq ID No.3所示的探针PEDV-MGB。
2.一种猪流行性腹泻病毒荧光定量PCR检测方法,其特征在于,通过PCR扩增、克隆获得阳性重组质粒,然后以已知浓度的目的基因作为模板进行荧光定量PCR反应,作出标准曲线图以及标准曲线,用于测算出待测样品中的病毒含量。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征是,所述的PCR扩增、克隆是指:采用根据权利要求1所述上、下游引物进行PCR扩增目的片段,鉴定为阳性的PCR产物,克隆到pMD18-T载体并转化到DH5α感受态细胞,蓝白斑筛选挑取阳性克隆。
4.根据权利要求2所述的方法,其特征是,所述的标准曲线是指质粒浓度与Ct值的比例曲线,该标准曲线通过以下步骤获得:由质粒提取试剂盒提取重组质粒,用紫外分光光度计测定OD260nm值,并将质粒浓度换算成拷贝数/μL,对模板进行定量RT-PCR反应,并在每一循环的延伸温度结束时采集荧光信号进行实时检测。
5.根据权利要求2或4所述的方法,其特征是,所述的标准曲线为:Y=-3.358LogX+37.49,其中:Y表示Ct值,X表示病毒数量,单位为拷贝数/mL。
6.根据权利要求2或4所述的方法,其特征是,所述的模板是指:已知病毒拷贝数的标准DNA模板,经10倍系列稀释,且同一稀释梯度做重复孔对照。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征是,每个模板浓度做3个重复,取平均值计算变异系数。
8.根据权利要求2所述的方法,其特征是,所述的荧光定量PCR反应体系总体积为25μL,包括:10×EX Taq Buffer(Mg2+plus)2.5μL、dNTP Mixture(各2.5mM)2.5μL、250μM的上、下游引物各1μL、5U/μL的Ex Taq0.2μL、10pmol/μL的探针0.5μL、质粒模板1μL、DEPC水16.3μL。
9.根据权利要求2所述的方法,其特征是,所述的荧光定量PCR反应条件如下:94℃预变性2min,再以40个循环进行PCR扩增,每循环以94℃变性20s,50℃延伸20s,最后72℃延伸10min。
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