[发明专利]分析细胞增殖性病症的方法和核酸

权利要求书

1.用于确定Septin 9基因或基因组的Septin 9序列的甲基化水平的装置在制备用于检测和/或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，

其中所述方法包括确定分离自所述个体的生物样品中Septin 9基因或基因组的Septin 9序列的甲基化水平，其中CpG甲基化表明所述癌症存在或其种类。

2.如权利要求1所述的用途，其中CpG甲基化的存在表明癌性细胞增殖性病症的存在，而其不存在表明良性细胞增殖性病症的存在，其中所述癌性细胞增殖性病症区别于所述良性细胞增殖性病症。

3.如权利要求1所述的用途，其中所述癌症为肝细胞癌或结肠直肠癌。

4.如权利要求1所述的用途，其中所述甲基化水平通过检测所述Septin 9基因或基因组的Septin 9序列内CpG甲基化的存在与否来确定，其中甲基化的存在表明癌性细胞增殖性病症的存在。

5.如权利要求1所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便，及其组合。

6.如权利要求1所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，及其组合。

7.区分基因组DNA至少一个靶区域内甲基化和未甲基化CpG二核苷酸的至少一种试剂或成组试剂在制备用于检测和/或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括使从所述个体生物样品中分离的基因组DNA与所述至少一种试剂或成组试剂接触，

其中所述靶区域等同于或互补于至少一种分别选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：3的序列的至少16连续核苷酸的序列，其中所述连续核苷酸包含至少一个CpG二核苷酸序列，由此至少部分地提供对癌症的检测和/或分类。

8.将5位未甲基化的胞嘧啶碱基转化为尿嘧啶或在杂交性能方面可检测地不同于胞嘧啶的其它碱基的一种或多种试剂，和

扩增酶和至少一种包含至少9核苷酸连续序列的引物

在制备用于检测和/或分类个体中癌症的方法的试剂盒中的用途，其中所述方法包括：

a)提取或以其它方式从所述个体生物样品分离基因组DNA；

b)用所述一种或多种试剂处理a)的所述基因组DNA或其片段；

c)使所述经处理的基因组DNA或其经处理的片段与所述扩增酶和所述至少一种引物接触，所述引物包括至少9核苷酸的连续序列，其等同于或互补于选自SEQ ID NO：4至SEQ ID NO：15及其互补序列的序列，其中所述经处理的基因组DNA或其片段被扩增以产生至少一种扩增产物或不被扩增；以及

d)基于所述扩增物是否存在或其性质，确定选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：3的序列的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平，或者反映选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：3的序列的多个CpG二核苷酸平均甲基化状态或水平的均值或值，由此至少部分地提供至少检测和分类癌症之一。

9.如权利要求8所述的用途，其中b)中处理所述基因组DNA或其片段包括使用选自亚硫酸氢盐、酸式亚硫酸盐、焦亚硫酸盐及其组合的试剂。

10.如权利要求8所述的用途，其中c)中的接触或扩增包括使用至少一种选自如下的方法：使用耐热DNA聚合酶作为所述扩增酶；使用缺乏5’-3’外切酶活性的聚合酶；使用聚合酶链式反应(PCR)；产生带有可检测标记的扩增产物核酸分子。

11.如权利要求7所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自细胞系、组织学切片、组织活检、石蜡包埋的组织、体液、粪便，及其组合。

12.如权利要求7所述的用途，其中从所述个体获得的所述生物样品选自结肠流出物、尿、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞，及其组合。

13.如权利要求8所述的用途，其中所述方法还在步骤d)中包括使用至少一种核酸分子或肽核酸分子，其在各种情况下都包含等同于或互补于选自SEQ ID NO：4至SEQ ID NO：15序列及其互补序列的至少9核苷酸长度的连续序列，其中所述核酸分子或肽核酸分子抑制其所杂交的所述核酸的扩增。