[发明专利]用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法

说明书

技术领域

本发明涉及医学检测技术领域，具体涉及一种用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法。

背景技术

地中海贫血简称地贫，是最常见的单基因遗传疾病之一，常见的地贫种类有α-地贫和β-地贫，分别由α-蛋白基因簇和β-珠蛋白基因簇异常表达引起。在我国，广西、广东和海南是地中海贫血的高发省份，其中广西α-地贫的发病率是15.5%。中国人群中，缺失型α-地贫的基因型常见基因型为--^SEA、-α^3.7和-α^4.2，以及广西区内相对常见的泰国型缺失（--^THAI）。

同源基因定量技术是一种根据基因的同源性，采用共同的扩增引物对同源基因进行扩增，最后采用荧光标记法或者探针法对基因的含量进行相对定量的方法。α-珠蛋白基因簇(NG_000006.1)由调控因子（HS-40），α基因（α1和α2），ζ基因(ζ2)，假基因(Ψζ1,Ψα2andΨα1)和θ组成，其排列顺序为:HS40–ζ2–Ψζ1–Ψα2–Ψα1–α2–α1–θ。α地中海贫血基因据其同源性，可划分为X1，X2，Y1，Y2，Z1和Z2区间，其中-α^3.7(也称为右侧缺失)的形成源于Z1和Z2之间的同源重组，其DNA结构表现为仅仅包含一个α1区段，而-α^4.2(也称为左侧缺失)则来源于X1和X2之间的同源重组，如图1所示，其DNA结构表现为存在一个α2-α1的融合基因。对-α^3.7和-α^4.2携带者而言，其表现型及危害相似。然而，由于-α^3.7和-α^4.2均由大区段同源基因重组产生，因而不同个体所携带的-α^3.7或-α^4.2基因序列并不一致，因此，目前常用的诊断方法为通过跨越断点式PCR（Gap-PCR）将其扩增出来，但因其区段长度较长，导致检测时间也较长。另一方面，由于-α^3.7和-α^4.2的危害相似，如果可以将其简并进行检测，则可以实现短区段快速扩增检测。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒及其使用方法。采用该试剂盒可以相对定量检测α-珠蛋白基因簇中α1和α2功能基因的拷贝数及拷贝数的变化。

本发明所述的用于检测常见缺失型α-地中海贫血的试剂盒，包括扩增引物和荧光探针，所述的扩增引物为：一对可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物A1A2-F和A1A2-R，一对扩增α-珠蛋白基因簇中--^SEA基因型的Gap-PCR引物SEA-F和SEA-R，以 及一对扩增α-珠蛋白基因簇中--^THAI基因型的Gap-PCR引物THAI-F和THAI-R；所述的荧光探针为：一条特异性检测α1区段的特征序列A1的荧光探针A1-Prob，一条特异性检测α2区段的特征序列A2的荧光探针A2-Prob，一条特异性检测--^SEA基因型扩增产物的荧光探针SEA-Prob，以及一条特异性检测--^THAI基因型扩增产物的荧光探针THAI-Prob；

其中：

所述的可以同时扩增α-珠蛋白基因簇中α1区段的特征序列A1和α2区段的特征序列A2的引物对中，

A1A2-F：5’-GGGTTGCGGGAGGTGTAG-3’；

A1A2-R：5’-GCAGGCAGTGGCTTAGGA-3’；

所述的扩增α-珠蛋白基因簇中--^SEA基因型的Gap-PCR引物对中，

SEA-F：5’-CTCAGTATTGGAGGGAAGGA-3’；

SEA-R：5’-CAGTGTTGTAGTCATGGCTTA-3’；

所述的扩增α-珠蛋白基因簇中--^THAI基因型的Gap-PCR引物对中，

THAI-F：5’-AAGCGAGAGGAATCACATTC-3’；

THAI-R：5’-CTTGGATCTGCACCTCTG-3’；

所述的特异性检测特α1区段的征序列A1的荧光探针A1-Prob为：