[发明专利]用于检测IFITM3-rs12252基因多态性的Taqman荧光定量RT-PCR引物和探针

说明书

技术领域

本发明涉及基因工程及分子生物学领域，具体地说，涉及一种用于检测与人类重症流感相关的IFITM3-rs12252基因多态性的Taqman荧光定量RT-PCR特异性引物和探针。 

背景技术

流感（Influenza）因其传染性强，发病率高，易引起暴发流行，严重威胁着人类的健康。虽然流感疫苗可以有效的预防流感的发生，但是流感病毒变异后可以削弱流感疫苗的效应。如2009年爆发的甲型H1N1流感，据统计，在我国确诊的12.7万例患者中，有8320例为重症及危重病例，死亡196例。由此可见，流感，尤其是重症流感已成为威胁人类健康的重大公共卫生问题。 

干扰素诱导跨膜蛋白3（IFITM3）位于人类第11号染色体上，是近期发现的一种具有广谱抗囊膜病毒活性的蛋白，是由I型或II型干扰素（IFN）诱导产生的，它可以通过抑制流感病毒和其他包膜病毒进入细胞而限制病毒复制，缺失IFITM3基因后，IFN的抗病毒作用会明显变弱，由此，IFITM3是人体抗病毒免疫所必需的。 

最新研究发现，IFIMT3的基因多态性与流感重症有关。目前，尚未发现有通过检测单个碱基突变来预测流感重症的相关报道。 

发明内容

本发明的目的是提供一种用于检测与人类重症流感相关的IFITM3-rs12252基因多态性的Taqman荧光定量RT-PCR特异性引物和探针。 

本发明的另一目的是提供含有所述特异性引物和探针的用于检 测与人类重症流感相关的IFITM3-rs12252基因多态性的试剂盒。 

为了实现本发明目的，本发明的一种用于检测与人类重症流感相关的IFITM3-rs12252基因多态性的Taqman荧光定量RT-PCR特异性引物和探针，包括： 

正向引物F：5’-CTGTTGAGAAACCGAAACTACTAGG-3’； 

反向引物R：5’-ATGTGGATCACGGTGGACGTC-3’； 

PROB-T：5’-F1-CTCCTGTCAACAGTGGCCAG-Q-3’； 

PROB-C：5’-F2-CTCCTGTCAACAGCGGCCAG-Q-3’。 

其中，F1和F2为不同的荧光报告基团，Q为荧光淬灭基团。 

优选地，F1为FAM，F2为HEX，Q为TAMRA。 

本发明还提供含有所述特异性引物和探针的用于检测与人类重症流感相关的IFITM3-rs12252基因多态性的试剂盒。 

优选地，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反应缓冲液中的一种或多种。 

更优选地，所述试剂盒还包括标准阳性模板。 

本发明还提供所述特异性引物对及探针在检测与人类重症流感相关的IFITM3-rs12252基因多态性中的应用。由于IFITM3的基因多态性（rs12252-C基因型）与流感重症有关，所述特异性引物对能够有效地鉴定出IFITM3-rs12252的不同基因型，IFITM3-rs12252-C基因型因改变了IFITM3蛋白的N末端蛋白结构而降低其限制病毒复制的能力。根据全球千人基因组数据显示，IFITM3-rs12252-C基因型在欧洲白种人中很罕见，而在亚洲人群中更为常见。更重要地，结合rs12252-CC基因型易于发生流感重症的数据，分析结果表明中国人群中发生严重感染的群体归因风险度高达54.3%。有临床研究发现2009年的H1N1流感大流行时，在具有肺炎、呼吸或肾脏衰竭等严重并发症的中国患者中，69%的人携带rs12252-CC基因型，而在病症轻微的患者中，只有25%的人携带这一遗传突变。统计分析结果显示，rs12252-CC基因型与 CT/TT基因型相比，发生严重感染的风险增加了6倍。因此，IFITM3-rs12252基因多态性在流感的发生中起着非常重要的作用。 

本发明还提供鉴定与人类重症流感相关的SNP标记的方法，所述SNP标记位于IFITM3-rs12252基因如SEQ ID NO.1所示序列的142bp处，此处碱基为C的个体发生重症流感的风险显著高于此处碱基为T的个体。