[发明专利]一种与猪产仔数性状相关的分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及猪分子标记制备技术领域，具体涉及一种猪HOXA10基因编码区SNP作为猪产仔数性状相关的分子记及应用，它包括猪HOXA10基因编码区序列突变位点的检测方法与应用。 

背景技术

国民经济的基础在于农业，作为农业基础性产业之一的畜牧业，其发展水平是判断国家和地区农业发达程度的关键指标(李顺,2010)。养猪业是畜牧业的重要组成部分，猪肉需求量在中国肉类制品中位居首位。以往遗传改良的重点为生产性状(指胴体形状和生长性状)，随着人们对繁殖性状的日益重视，产仔数作为最重要的繁殖性状正受到越来越多的关注和研究。决定产仔数的关键因素是胚胎成活率，而影响胚胎成活率最关键时期为胚胎附植(着床)时期(Bazer et al.,2009)。同源异形框基因HOXA10是受雌激素(E₂)、孕激素(P₄)调控并在着床窗口期高表达的转录因子(Achache and Revel,2006)，通过对HOXA11、EMX2、IGFBP1等靶基因的调控影响胚胎附植过程。对于建立子宫内膜容受性，胚胎定位与黏附的完成等都有着很关键的作用(Modi and Godbole,2009)。 

HOXA10是同源框(Homeobox)基因a基因簇中位于胚胎体轴5’端腹部B类基因，在染色体上的位置为7p15～p14.2。HOXA10总长为2691bp的mRNA能够编码785个氨基酸。Satokata小鼠实验表明，HOXA10对建立子宫内膜容受性非常重要。通过总结大量临床案例，Gui等发现，人HOXA10基因表达出现问题会导致子宫内膜异位症进而引起容受性建立失败(Daftary et al.,2007；Gui et al.,1999；Kim et al.,2007；Rackow and Taylor,2010；Taylor et al.,1999)。因此HOXA10基因正常表达对于胚胎附植定位阶段的完成有很重要的作用(Wu et al.,2005)。胚泡释放妊娠信号标志着黏附阶段的开始。HOXA10基因在妊娠小鼠子宫内膜基质中表达与胚泡释放妊娠信号同步发生，均开始于妊娠后第2.5天(Satokata et al.,1995)。两者均能够影响基质细胞的增殖和分化从而影响黏附阶段的进行(Lim et al.,1999)。证据显示，抑制HOXA10基因的表达会阻碍小鼠胚泡的黏附(Bagot et al.,2000)。HOXA10基因的正常表达是保证黏附阶段顺利完成的重要影响因子之一。在胚胎附植侵入(蜕膜化)阶段，HOXA10基因在小鼠子宫内膜植入点附近蜕膜间质细胞中高表达，并将这种高表达蔓延至整个蜕膜。这将有助于维持间质细胞对母体分泌的孕激素(P₄)的应答反应，防止附植点出血导致的蜕膜化失败(Benson et al.,1996；Lim et al.,1999)。鉴于HOXA10基因在物种间的高度保守性，因此推测HOXA10基因的表达可能与猪的产仔数性状相关。 

大部分繁殖性状的遗传结构是非常复杂的，通过对候选基因多态性的鉴定发现，不同的基因型与生理、免疫、内分泌方面不同的性状相互关联(et al.,2009)。目前，标记辅助选择(MAS)已作为常规选择法的辅助手段而被广泛应用，大大提高了产仔数性状的改良速度。标记辅助选择(MAS)包括随机引物扩增多态性(RAPD)标记、微卫星标记、PCR-RFLP标记、分子标记与QTL位点的连锁分析方法等(赵西彪,2008)。其中PCR-RFLP因检测不受发育阶段、性别等外部条件的影响，所标记的变异数目不受限制， 实用可靠而得到广泛的应用。 

发明内容

本发明的目的在于获得一种与猪产仔数性状相关的分子标记，克隆HOXA10基因编码区序列，寻找突变位点以及基因多态性的检测方法，为猪产仔数性状检测提供一种分子标记和方法。 

本发明的技术方案如下： 

本发明获得了一种与猪产仔数性状相关的分子标记，它包含猪(国外血缘猪大白猪和中国地方猪血缘猪陆川猪、隆林猪等)HOXA10基因404bp的序列(其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:l或图4所示)；通过上述序列进行Cluster W比对提供了位于该扩增片段中的309bp处的T/C碱基变异(等位基因突变)，导致PCR-EciⅠ-RFLP多态性，其多态性检测结果如图1所示。 

一种扩增猪(大白猪、陆川猪、隆林猪)HOXA10基因目的片段的引物，其DNA序列如序列表SEQ IDNO:2和SEQ ID NO:3所示。