[发明专利]一种与猪肉pH值性状相关的分子标记鉴定及其应用

权利要求书

1.一个与猪肉pH值性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：

AGACGTGGCTTGGACCTGGCGTTGCTCTATGTCTGTGGTGTAGACCGGTGGCTGCAGCTCCGGTTCAACCCCTGGCCTGG GATCCTCCATAGGCTGCAGGTGCAGTCCTAAAACAAAAACACTCTTTGTTTTAATTTAACAATCCTCTAAATTAAATTTT TGTTTGATTTTGGGTAAATCAGCTCTGTGGCTACAAAAAATAAAAGATCGTTCTAGGGCTGCCACTGACTTGAGCTTG TTATTTTCTCTCTGTAAGTGCTCTAATGTGCTCAACAGAATCTATCCCAGTGTCCCAGCCC

上述序列172位的碱基R是C或T，导致多态性。

2.一个与猪肉pH值性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述的分子标记的核苷酸序列如下所示：

AGAGAGGACCAGGGCCAGGAGCTGAGTCTCTACAGCCGTGGAAGGTTTGGGCTGGGAGTGTCATGACAGGTGGGCTTTGA GGGAAACAGGTAGACATTTAGAACGTTAGATAAGGAAAGATGCCATGACTGGAGAAGGGAGAAGGAAGAATTAAGTAAGA TGCCCAGTTTTTGGAGTGTTCAAATTGGTATGTGTTCAAGCTGTTCCCTGAGAAATTATTTAGAGGAGAAGAAAGGGT ACAAAAAATACAGCTCTCATAAAGACTTCCTGATTCTCAGCAGTTTATTTAATAATTTCTA

上述序列的167位中的碱基R是A或G，导致多态性。

3.权利要求1或2所述的SNP分子标记构成一个猪基因型的单倍型的标记。

4.权利要求1或2所述的分子标记单独或组合使用在猪肉pH值性状检测中的应用。

5.一种与猪肉pH值性状相关的分子标记的制备方法，其特征在于下列步骤：

1)提取猪基因组DNA；

2)采集猪的背最长肌，用pH计测量三次试验猪背最长肌肉样的pH值，取三次所测结果的平均值作为该肉样的pH值；

3)将猪基因组DNA样品在全基因组芯片上作基因分型；

4)采用PLINK软件进行全基因组关联分析，从中选取与屠宰后24小时的猪肉pH值显著关联的SNP，运用Ensembl网站的Variant Effect Predictor工具，注释该SNP，然后利用生物信息学方法，对目标区域内的基因进行功能注释，通过QTLdb网站检索该位点是否落在报道的与猪肉pH值性状有关的QTLs中，进一步确定与猪肉pH值性状相关联的SNPs；利用Haploview进行连锁不平衡分析和基因型的单倍型分析。