[发明专利]检测TET2突变的引物、试剂和方法

说明书

技术领域

本发明属生命科学和生物技术领域，具体涉及一种检测TET2突变的寡核苷酸和方法。

背景技术

TET2(the Ten-Eleven-Translocation oncogene family member2)被认为是一种潜在的抑癌基因，TET2基因位于染色体4q24上，由于剪切位点的不同，分为三种亚型。其中亚型1在造血组织，尤其是在粒细胞上高度表达。TET2亚型1全长约133kb，包含11个外显子，大部分TET2突变都发生在亚型1的编码区上，广泛分布于TET2各个外显子区域的不同位点上，尽管不存在明确的突变热点，突变还是以第3号及11号外显子上为多。TET2位于染色体4q24的断裂点，而这个断裂点也同时包括许多其他AML相关的染色体改变，如t(3；4)(q26；q24)，t(4；5)(q24；p16)，t(4；7)(q24；q21)和del(4)(q23q24)，因此可以推断TET2突变与AML的发生具有一定的相关性。利用包括细胞遗传学、比较基因组杂交(CGH)及单核苷酸多态性(SNP)序列分析等方法已确定TET2基因作为MDS、AML及MPN等髓系肿瘤的候选肿瘤抑制基因。Delhommeau等已有测序分析表明MDS病例中有19％的TET2基因突变，继发性AML(s-AML)中发生率为24％，在慢性粒单核细胞性白血病(CMML)中也有22％的表达，在MPN中发现12％的突变发生率。由此，TET2基因成为与多种髓系肿瘤的高度相关的一种新型分子学标志。TET2的缺失或突变，目前已成为髓系肿瘤分子学异常研究方面的热点。TET2基因突变频繁的出现在各种髓系肿瘤中，与疾病的发生和预后相关。TET2突变是MDS的一个独立的有利预后指标，对于CMML患者则为预后不良的指标，在有CEBPA突变和(或)NPM1突变但无FLT3-ITD的CN-AML患者提示着不良预后。TET2突变对SM的表型有相对独立的影响，但对SM预后影响仍有待研究。

目前，可用基因突变检测的方法有限制性片段长度多态性(ssCp)、基因测序和荧光定量PCR等。ssCp技术相对简单，但酶切位点易受基因变异影响，影响结果判断，由于方法本身的技术限制，检测灵敏度低。采用荧光定量PCR法检测TET2基因外显子突变，由于检测的外显子序列较长且没有明确的突变热点，需要设计多对引物及探针，这样检测成本高，且存在漏检的可能性。

Rocquain等报道了检测TET2的方法，但该方法检测价格昂贵。在其他的方法中，都不能在相同的反应程序中一次性将TET2多个突变位点扩增出来，需要针对不同的突变位点设置不同的反应条件，这增加了检测时间和操作步骤，甚至会发生条件设置错误等操作失误，影响最终结果。

发明内容

本发明的目的在于，提供一种检测TET2突变第3-11外显子突变位点的PCR扩增引物，包括：

TET2 exon 3-1F   ATTAGCTGGTAATTTTGATC；

TET2 exon 3-1R   CTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATG；

TET2 exon 3-2F   GAAATTGAAACAAGACCAAAAGG；

TET2 exon 3-2R   TGAGCTTTGCTTGAAGTAAGCAC；

TET2 exon 3-3F   GTGATGCTGATGATGCTGATAA；

TET2 exon 3-3R   GATGGGATTCCGCTTGGTGAAAAC；

TET2 exon 3-4F   ATAACCCACCAATTTTTGGTAG；

TET2 exon 3-4R   CATTATGAGTCTCGAACTCGCTTG；

TET2 exon 3-5F   TGAGCCATTTTCAAACTCACACC；

TET2 exon 3-5R   CTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCA；

TET2 exon 3-6F   GCAAAGGTACTTGATACATAAC；

TET2 exon 3-6R   AGAATTAGCAAATTTATCTTCAGATAT；

TET2 exon 4F     TTAGAGCCCTTAATGTGTAGTTGG；

TET2 exon 4R     GTAGTGTTGGCAACCCTAGAATAG；

TET2 exon 5F     TTTGCTTGGCGTAGACCTGTT；