[发明专利]一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法

权利要求书

1.一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，其特征在于，步骤如下：

(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置确定该标记所在区段对应的已知遗传物理图谱的近缘物种的位置，查找获得SNP标记延伸序列；

(2)将步骤(1)的SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，根据相似度≥99％的条件，选取长度范围为50kb到100kb的序列片段；

(3)以重复序列长度≥20bp，按照二碱基重复型的重复次数不小于10次，三碱基重复型的重复次数不小于7次，四碱基重复型的重复次数不小于5次的标准，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；

(4)根据步骤(3)获得的SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；

(5)利用步骤(4)的待验证分子标记的引物，PCR扩增不同品系的待开发样品，选取结果具有多样性的分子标记，制得SNP-SSR分子标记。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(1)中的待开发样品为小麦，所述的已知遗传物理图谱的近缘物种为粗山羊草。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述的小麦的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置确定该标记所在区段对应的粗山羊草的位置，为登陆数据库查找SNP标记延伸序列。

4.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述的待开发样品为小麦D基因组。

5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，所述SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对是指登陆小麦D基因组测序数据库进行比对。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(3)中的查找，为采用SSRHunter软件进行查找。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(4)中的设计引物，为采用Primer5.0软件进行引物设计。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，所述步骤(4)中设计引物的条件为：

SSR位点的开始和结束位置分别距5′和3′端不少于20bp；引物长度18～25bp；退火温度Tm值50～65℃，且上游引物和下游引物的Tm值相差不大于5℃；PCR扩增产物长度100～400bp；软件评分80分以上，引物不能产生二级结构。

9.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(5)中的多样性为PCR产物带型清晰且在不同的材料中带型有差异。