[发明专利]一种梨果皮光滑度主效QTL位点的SNP分子标记引物及其应用

说明书

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，提供了一种梨果皮光滑度主效QTL位点的SNP分子标记引物及其应用。

背景技术

我国是世界梨属(Pyrus L.)植物最主要的起源地之一，遗传多样性丰富。梨的栽培种分布广泛，除了海南省和台湾省，都有栽培。梨果实的营养价值高，香甜多汁，而深受消费者喜爱。果实的外观质量是衡量果实等级的重要因素之一,而果皮光滑度是对果实外观质量评价的第一直观要素。随着人们生活水平的提高，人们对果品质量的要求也越来越高,果面粗糙、皲皮,有果锈和小黑点的果实逐渐被淘汰出优等果实之外。果皮光滑度亦是梨果采后分级的重要标准，无果锈是商品果实的首选指标。在生产上，人们常通过套袋等栽培技术改善果皮的光滑度。另外，选育果皮光滑的品种可以大大降低套袋劳动成本，节约生产资料。因此选育果皮光滑整洁的品种是梨育种的重要目标之一。

由于绝大多数梨品种是自交不亲和的，梨的遗传组成表现高度杂合性；同时，由于多年生果树的农艺性状多数表现为数量性状遗传特征，有关梨的重要性状遗传规律研究相对滞后，也难以开展目标性状的遗传改良。近年来，随着分子标记技术的迅速发展、高密度的分子遗传图谱的出现，以及数量性状作图方法的不断完善，使得数量性状基因座(QTL)定位变成了现实，也为提高目标数量性状优良基因型选择的可能性、准确性及预见性奠定了基础。利用分子标记定位数量性状QTL，其实质就是分析分子标记与目标性状QTL之间的连锁关系，即利用已知座位的分子标记来定位未知座位的QTL，通过计算分子标记与QTL之间的交换率，来确定QTL的具体位置。基于获得的标记基因型分离与数量性状表型之间的关系，可直接确定控制数量性状位点，开发可应用于分子标记辅助选择育种的技术，这已在许多重要农作物上取得了成功应用。

目前有关梨数量性状的QTL定位研究仍属起步阶段，已有的研究主要是针对一些病害或生长性状，对梨果皮光滑度性状的QTL定位及检测QTL位点上的多态性表达果皮光滑度差异的SNP分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此，开展梨果皮光滑度性状的QTL定位，基于相应序列信息开发SNP分子标记，并建立杂交后代早期辅助选择技术体系，对于提高梨果实品质，提高育种效率，节约生产成本显得尤为重要。

发明内容

本发明的目的是定位梨果皮光滑度主效QTL，根据贡献位点序列信息开发基于高分辨率溶解曲线鉴定梨果皮光滑度的SNP特异标记Pybd02_010，检测QTL位点qSmooth上的多态性表达果皮光滑度的差异。通过该分子标记可以预测梨果皮光滑度的大小，为实现果皮光滑度性状的早期鉴定和筛选提供分子辅助选择技术支持。

本发明的目的可通过如下技术方案实现：

一种与梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth紧密连锁的SNP标记引物对，其中,

正向引物SMOOTH-F：5’‐GTGGAGGAAGTGCTCGAACT‐3’(SEQ ID NO.1)，

反向引物SMOOTH-R：5’‐ACACTGCAAGTAATCATAGCTCT‐3’(SEQ ID NO.2)。

本发明所述的SNP标记引物对在梨分子育种中的应用，利用所述的引物对SMOOTH-F/SMOOTH-R基于高分辨率溶解曲线鉴定检测登录号为AJSU00000000梨基因组序列scaffold283.0的第416246个碱基处是否存在一个与梨果实果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth，同时检测QTL位点上的多态性表达果皮光滑度的差异，预测梨果皮光滑度，以实现梨果皮光滑度性状的早期鉴定和筛选。

本发明所述的SNP标记引物对在检测梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth及其SNP多态性中的应用。

本发明所述的引物用于检测梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth的SNP标记方法，其特征在于：利用本发明所述的SNP标记引物对梨基因组DNA进行HRM反应，如果扩增产物序列大小在249bp，表明存在一个与梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth；PCR循环结束后进行熔解，最后，在480II的Gene Scanning软件中1.5version自动生成扩增产物的不同颜色和线型的熔解曲线，分别以已知梨果皮光滑度相关的QTL位点qSmooth上表达果皮光滑的品种和表达果皮粗糙的品种为对照，检测QTL位点qSmooth上的多态性表达果皮光滑度的差异，如果未知品种得到的扩增产物的熔解曲线与对照的颜色相同、线型相似，则表示在梨果皮光滑度主效QTL位点qSmooth上的多态性表达的果皮光滑度和对照相似。