[发明专利]一种基于决策树判别环境中化合物对非洲爪蟾是否具有雌激素效应的方法

权利要求书

1.一种基于决策树判别环境中化合物对非洲爪蟾是否具有雌激素效应的方法，其特征在于：包括以下步骤：

(1)对非洲爪蟾雌激素受体蛋白ERβ进行同源建模及评价；

(2)运用分子模拟软件DS获取化合物的物理参数，以及化合物对小鼠、非洲爪蟾的结合能，分析小鼠-化合物的结合能与非洲爪蟾-化合物的结合能的线性关系；

(3)通过化合物对小鼠的物理参数和结合能建立化合物对小鼠有无雌激素效应的决策树；

(4)利用小鼠和非洲爪蟾结合能之间的线性关系，构建化合物对非洲爪蟾有无雌激素效应的决策树。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述的步骤(1)中，非洲爪蟾雌激素受体蛋白ERβ的同源建模及评价，包括以下步骤：

(11)以非洲爪蟾的ERβ的一级序列为探针，在NCBI数据库中利用protein-protein blast程序搜索PDB蛋白晶体数据库，得到一系列模板蛋白；

(12)以2J7X为模板，以在NCBI数据库中编号为NP_001124426.1的非洲爪蟾ERβ蛋白的一级氨基酸序列为目标，进行同源建模。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述的步骤(2)，获取化合物与小鼠、非洲爪蟾受体蛋白的相互结合能，包括以下步骤：

(21)、对所建同源模型加Charm力场；

(22)、选择构建同源模型的受体蛋白为受体，根据同源建模时保留了小鼠的配体选定结合区域；

(23)、进行化合物与受体蛋白的对接；

(24)、对接结束后，获取化合物与小鼠、非洲爪蟾的受体蛋白的相互结合能。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述的步骤(2)中，化合物的物理参数，包括化合物的疏水性logP、分子间相互结合的表面正电荷区域的形状、电荷信息Jurs-PNSA-2、Jur-PRCS以及分子宽度的空间参数shadow XY。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述的步骤(2)中，获取化合物的物理参数，具体包括以下步骤：通过已有的小鼠蛋白结构运用DS软件计算小鼠的各项参数，包括logP、Jurs-PNSA-2、Jur-PRCS和shadow XY fraction以及结合能，通过同源建模的非洲爪蟾的蛋白结构运用DS软件计算非洲爪蟾的各项参数，包括logP、Jurs-PNSA-2、Jur-PRCS和shadow XY fraction以及结合能。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(4)中化合物对非洲爪蟾有无雌激素效应的决策树，包括以下步骤：

(41)、同源建模以非洲爪蟾的ERβ的一级序列为探针，在NCBI数据库中利用protein-protein blast程序搜索PDB蛋白晶体数据库，得到一系列模板蛋白，以2J7X为模板，以在NCBI数据库中编号为NP_001124426.1的非洲爪蟾ERβ蛋白的一级氨基酸序列为目标，进行同源建模；

(42)、参数计算用同源建模建好的模型通过分子对接结算出化合物的物理参数logP、Jur-PNSA-2、Jur-RPCS和shadow XY及分子模拟的结合能；

(43)、利用matlab中的Decesion Tree模块建立关于化合物结构参数logP、Jur-PNSA-2、Jur-RPCS、shadow XY，通过非洲爪蟾和小鼠雌激素受体蛋白对接的结合能的线性关系建立有关非洲爪蟾的决策树。