[发明专利]用于区分胰腺癌与正常胰腺功能和/或慢性胰腺炎的方法

说明书

本申请是申请日为2008年4月29日、申请号为200880022612.3的同名申请的分案申请。

优先权要求

本申请要求于2007年4月30日提交的美国临时专利申请第60/926,933号的优先权，该临时专利申请以其整体通过引用并入本文。

本项目由NIH基金CA081534和CMC的CA128609资助，并且政府对本项目享有一定的权利。

序列表或计算机程序列表光盘附件的引用

把以光盘提交的“序列表”、表格或计算机程序列表附件的引用以及通过引用对光盘中的材料包括每个光盘中的副本和文件的并入载入说明书。

背景

胰腺癌是致命的疾病，且在美国，每年的死亡率接近等于约33,000例。¹虽然分期迁移是较少存活的部分起因，但胰腺导管腺癌的生物学是侵袭性局部入侵、早期转移和对化疗与辐射的抗性之一。包括TP53、KRAS、CDKN2A和SMAD4²的已知的基因突变在胰腺癌中是重要的，但单独地并不是胰腺癌的侵袭行为的原因。

微小RNA(miRNA)是小的非编码RNA，其通过RNase III Dicer来从细胞质中的70个核苷酸至100个核苷酸的发夹前-miRNA前体切割为它们的19个核苷酸至25个核苷酸的成熟形式。³单链的miRNA以完全或接近完全的互补性与潜在地数百基因的mRNA在3’非翻译区结合，这分别导致靶mRNA的降解或抑制。在人类中，miRNA的异常表达通过促进原癌基因的表达或抑制肿瘤抑制基因的表达而促进致癌作用。⁴这样的“致癌miR(oncomiR)”已在多种血液恶性肿瘤和实体恶性肿瘤中被证实。^5-7

对在胰腺癌细胞中差异表达的微小RNA的鉴定可有助于确认胰腺癌(例如，胰腺内分泌肿瘤、腺泡癌)中所涉及的特定miRNA。此外，对这些miRNA的推定靶的鉴定可有助于阐明它们的致病作用。本文所描述的是用于胰腺癌的诊断、预后和治疗的方法和组合物。

本发明的另外的优势、目的和特征将在后面的描述中部分地阐明，并且对于本领域普通技术人员来说，在研究了以下内容后，所述优势、目的和特征将部分地变得明显或者可以从本发明的实施中认识到。本发明的目的和优势可如所附权利要求中特别指出的来实现和获得。

概述

在一个广泛的方面中，本文提供了对与胰腺癌细胞中改变的表达水平有关的特定miRNA的鉴定。

在另一个广泛的方面中，本文提供了一种诊断受试者是否患有胰腺癌或是否处于发展胰腺癌的风险中的方法，其包括测量来自所述受试者的测试样品中的至少一种miR基因产物的水平，其中测试样品中的miR基因产物的水平相对于对照样品中的相应的miR基因产物的水平的改变指示该受试者患有胰腺癌或处于发展胰腺癌的风险中。

在另一个广泛的方面中，本文提供了一种将胰腺癌与人类患者中的正常胰腺组织和慢性胰腺炎中的至少一种区别开来的方法，其包括：检测来自表1a、表1b、表1c、表2a、表2b、表2c和表3中的至少一个的至少一种miR基因产物在组织样品中的表达水平；其中差异表达指示胰腺癌而不是正常的胰腺或慢性胰腺炎。

仍在另一个广泛的方面中，本文提供了一种确定患有胰腺癌的受试者的预后的方法，其包括测量来自所述受试者的测试样品中的至少一种miR基因产物的水平，其中：miR基因产物与胰腺癌中的不利的预后相关；并且胰腺测试样品中的至少一种miR基因产物的水平相对于对照样品中的相应的miR基因产物的水平的改变指示不利的预后。

因此，一种方法包括诊断受试者是否患有胰腺癌或是否处于发展胰腺癌的风险中。在一个特定的方面中，将来自受试者的测试样品中的至少一种miR基因产物的水平与对照样品中的相应的miR基因产物的水平进行比较。测试样品中的miR基因产物的水平相对于对照样品中的相应的miR基因产物的水平的改变(例如，增加、减少)指示该受试者患有胰腺癌或处于发展胰腺癌的风险中。

在一个实施方案中，被诊断的胰腺癌是胰腺外分泌肿瘤(例如，腺癌)。在又一个实施方案中，所述方法能够区分胰腺内分泌肿瘤(PET)和胰腺外分泌肿瘤(例如，腺癌)。仍在另一个实施方案中，诊断方法可用于诊断任何类型的胰腺癌。