[发明专利]染色体三倍体检验方法

权利要求书

1.一种染色体三倍体检测方法，其特征在于，包括：

将测试样本的测序结果比对到参考序列上，得到比对结果；

根据GC含量对比对结果中各染色体进行分组，得到各染色体对应的GC含量的读长序列的数目；

确定第一相关统计量和第二相关统计量，所述第一相关统计量为待检测染色体与另一染色体的比值，所述第二相关统计量为另外一对染色体的比值，根据典型相关分析法，计算出使所述第一相关统计量与所述第二相关统计量之间相关关系最大的相关系数，得到与所述待检测染色体最相关的染色体；

对所述最相关的染色体以及所述相关系数进行回归分析以计算待检测染色体对应的Z值，根据所述Z值与预设阈值的比较结果判断出所述待检测染色体为三倍体的概率。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述确定第一相关统计量和第二相关统计量这一步骤包括：

计算第一统计量R_ijγ和第二统计量R_{i’j’γ’}，R_ijγ表示第一读长序列的数目n_iγ与第二读长序列的数目n_jγ的比值，所述第一读长序列对应待检测染色体i且GC分量为γ，所述第二读长序列对应染色体j且GC分量为γ，R_{i’j’γ’}表示第三读长序列的数目n_i’γ’与第四读长序列的数目n_j’γ’的比值，所述第三读长序列对应待检测染色体i'且GC分量为γ’，所述第四读长序列对应染色体j’且GC分量为γ’；

计算待检测染色体i与另一个染色体j之间的第一相关统计量R_ij，计算公式为

计算另外一对染色体i'和j'之间的第二相关统计量R_i’j’，计算公式为

其中a_ijγ和a_{i’j’γ’}均为相关系数。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述根据典型相关分析法，计算出使所述第一相关统计量与所述第二相关统计量之间相关关系最大的相关系数，得到与所述待检测染色体最相关的染色体这一步骤包括：

所述相关系数的计算公式为{a_ijγ,a_{i’j’γ’}}＝argmax(cor(R_ij,R_i’j’))，其中a_ijγ和a_{i’j’γ’}为待计算的相关系数，cor(R_ij,R_i’j’)表示求取R_ij和R_i’j’的相关系数；

所述与所述待检测染色体最相关的染色体包括多组使R_ij和R_i’j’相关系数较高的染色体j、i'和j’，i表示待检测染色体。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对所述最相关的染色体以及所述相关系数进行回归分析以计算待检测染色体对应的Z值这一步骤包括：

构建染色体关系模型，所述模型为：如果染色体i正常，则R_ij＝α+βR_i'j'+ε，如果染色体i为三倍体，则其中j、j’和i’为不同于i的染色体，R_ij为染色体i与j之间的统计量，R_i’j’为染色体i’与j’之间的统计量，α和β为待求取的系数，ε为残差，e为胎儿系数；

根据所述最相关的染色体以及相关统计量，采用最小二乘法对所述模型进行计算，得到α和β，并估算出残差ε及残差的标准差δ；

所述待检测染色体对应的Z值等于所述残差与残差的标准差的比值，对于正常的染色体，其Z值服从标准正态分布，对于三倍体染色体，其Z值服从的正态分布为

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述根据所述Z值与预设阈值的比较结果判断出所述待检测染色体为三倍体的概率这一步骤包括：比较所述Z值与预设阈值，如果所述Z值大于等于所述预设阈值，则判断所述待检测染色体为三倍体，如果所述Z值小于所述预设阈值，则判断所述待检测染色体为正常染色体。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述比对结果仅包括定位到所述参考序列唯一位置的序列。