[发明专利]DNA蛋白结合位点的DNase高通测序检测信号处理方法有效

专利信息
申请号: 201410352942.6 申请日: 2014-07-23
公开(公告)号: CN104131093A 公开(公告)日: 2014-11-05
发明(设计)人: 冯伟兴;廉德源;刘晓龙;宋锋飞;贺波 申请(专利权)人: 哈尔滨工程大学
主分类号: C12Q1/68 分类号: C12Q1/68
代理公司: 代理人:
地址: 150001 黑龙江省哈尔滨市南岗区*** 国省代码: 黑龙江;23
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摘要:
搜索关键词: dna 蛋白 结合 dnase 高通测序 检测 信号 处理 方法
【权利要求书】:

1.DNA蛋白结合位点的DNase高通测序检测信号预处理方法,其特征在于,包括以下几个步骤:

步骤一:获取基因基本信息,基因基本信息包括DNA基因组的碱基序列和基因在DNA上的位置信息,获取DNA蛋白结合位点的DNase-Seq高通测序检测数据和ChIP-Seq高通测序监测数据;

步骤二:对DNase-Seq高通测序检测数据质量评估,筛选出碱基位点的质量得分在20以上的可信测序数据,通过映射找到每条可信预测数据在基因组中的出处;

步骤三:将每条可信测序数据仅保留直接反映蛋白结合位点的测序起始位置,得到更新后的DNase–Seq数据;

步骤四:在每个DNA碱基位点上求取更新后的DNase–Seq数据点的个数,作为DNA碱基位点的DNase-Seq检测值;利用ChIP-Seq数据获取存在相关DNA蛋白的结合位点的区域,提取区域内完整的DNase-Seq检测值,得到DNase-Seq检测样本数据集合;

步骤五:对DNase-Seq检测样本数据集合进行归一化处理,即将每个DNA碱基位点的DNase-Seq检测值除以DNase-Seq检测样本数据集合中所有DNA碱基位点的DNase-Seq检测值之和;

步骤六:对DNase-Seq检测样本数据集合进行细分;

将DNase-Seq检测样本数据集合分为正链正测序子集、正链负测序子集、负链正测序子集和负链负测序子集,将正链正测序子集和负链负测序子集通过相关对齐的方式合并成为DNA蛋白结合位点的正面检测数据子集,将正链负测序子集和负链正测序子集通过相关对齐的方式合并成为DNA蛋白结合位点的背面检测数据子集;

步骤七:分别从正面和背面两个方向,对正面检测数据子集和背面检测数据子集中数据进行纵向求和,完成操作。

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