[发明专利]基于并行计算的代谢组学数据处理方法有效
申请号: | 201410382286.4 | 申请日: | 2014-08-06 |
公开(公告)号: | CN104111819A | 公开(公告)日: | 2014-10-22 |
发明(设计)人: | 孙海涛;杨志强 | 申请(专利权)人: | 山东师范大学 |
主分类号: | G06F9/38 | 分类号: | G06F9/38;G06F9/44 |
代理公司: | 济南圣达知识产权代理有限公司 37221 | 代理人: | 张勇 |
地址: | 250014 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 并行 计算 代谢 数据处理 方法 | ||
1.一种基于并行计算的代谢组学数据处理方法,其特征是,包括如下步骤:
步骤(1):将动物血清样品送入色谱-质谱检测仪,经过色谱-质谱检测仪的处理后,色谱-质谱检测仪输出原始数据,所述原始数据为以样品组分的保留时间为横坐标,以样品组分的峰值浓度为纵坐标的原始谱图;
步骤(2):将并行计算与MZmine软件结合实现数据处理的并行化:将步骤(1)得到的原始谱图,根据原始数据的样品中组成成分的谱峰的数量和样品组分的保留时间来进行任务分解,分解成若干个子任务,为提高并行计算的数据处理速度,任务分解的要求是分解后的每个子任务内谱峰高度满足设定阈值的谱峰数量是大致相等的;将分解后得到的子任务交由若干个均配置有MZmine软件的服务器进行并行计算;计算得到样品包含的物质的成分,进而得到样品组分的数据表格;
步骤(3):数据输出。
2.如权利要求1所述的一种基于并行计算的代谢组学数据处理方法,其特征是,所述步骤(2)的MZmine软件提供了对谱图按照样品组分的保留时间进行分段检测的功能,所述分段需要覆盖整个保留时间,同时在计算完成后对保留时间重叠区域的数据进行去重处理。
3.如权利要求1所述的一种基于并行计算的代谢组学数据处理方法,其特征是,所述步骤(2)的组分的保留时间是指被分离样品成分从进样开始到出现该组分浓度极大值时的时间。
4.如权利要求1所述的一种基于并行计算的代谢组学数据处理方法,其特征是,所述数据表格的列为样品的组成成分,所述数据表格的行为不同的样品名称。
5.如权利要求1所述的一种基于并行计算的代谢组学数据处理方法,其特征是,所述步骤(3)中数据输出是指将上述数据表格进行合并汇总,汇总到一个数据表格中。
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