[发明专利]基于RAD图谱完善SSR图谱的方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种测序结果的处理方法，尤其是基于RAD图谱完善SSR图谱连接并辅助组装的方法，属于生物信息学领域。

背景技术

简单序列重复SSR（Simple Sequence Repeats）标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA(Microsatellite DNA)，是一类由几个核苷酸（一般为1～6个）为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列。目前，该技术广泛应用于遗传连锁图谱构建、种质鉴定、遗传多样性及基因定位与克隆等研究。具有以下优点：（1）数量丰富；（2）具有多等位基因的特性，提供的信息量高；（3）以孟德尔方式遗传，呈共显性；（4）每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。但是，SSR标记仍然存在以下不足之处：（1）SSR标记的开发局限于已知基因组信息的物种；（2）序列去冗余拼接软件和SSR搜索及引物设计软件存在一定的局限性，从而影响SSR标记的准确性；（3）SSR标记多态性较低；（4）SSR标记密度一般比较低。

SSR测序方法是现有公知的测序方法，可参见外文文献《High-throughput targeted SSR marker development in peach (Prunus persica)》出版于《Genome》杂志2002年第45卷第2期319～328页，作者为Ying Wang、Laura L Georgi等；外文文献《SSR marker based DNA fingerprinting and diversity study in rice (Oryza sativa. L)》出版于《African Journal of Biotechnology》2006年第5卷第9期684～688页，作者为B. Kalyan Chakravarthi和Rambabu Naravaneni。中国专利文献CN102936627（申请号：201210465639.8）公开了一种香菇香九菌种的SSR标记指纹图谱与应用，该指纹图谱由7对基于香菇基因组序列开发的SSR标记的特异等位片段组合而成。

RAD（Restriction-site Associated DNA）是与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA。基于酶切的简化基因组测序（RAD-Seq）对酶切获得的RAD tag进行高通量测序，大幅降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，可快速鉴定出高密度的SNP位点。基于高密度的SNP位点通过图谱构建方法得到高密度遗传图谱。RAD-seq技术具有操作简便，周期短，实验成本低，不受参考基因组的限制，一次实验即获得的大量SNP信息，可以用于任何物种的高密度图谱的构建、基因(QTLs)定位及群体遗传分析等优点。但是，RAD图谱准确度相对SSR图谱有些差距。

RAD测序方法是现有公知的测序方法，可参见外文文献《Rapid and cost- effective polymorphism identificationand genotyping using restriction site associated DNA(RAD) markers》出版于《Genome Research》杂志2007年第17卷240～248页，作者为Michael R.Miller、Joseph P.Dunham、Angel Amores等；外文文献《RAD marker microarrays enable rapid mapping of zebrafish mutations》出版于《Genome Biology》杂志2007年第8卷第6期，作者为Michael R Miller、Tressa S Atwood、B Frank Eames等。

发明内容

本发明解决的技术问题是，提出一种将SSR图谱信息和RAD图谱信息整合在一起，相互纠正，相互补充，可以有效地提高图谱精度和图谱长度的基于RAD图谱完善SSR图谱的方法。

为了解决上述技术问题，本发明提出的技术方案是：一种基于RAD图谱完善SSR图谱的方法，包括以下具体步骤：

A．采用现有的SSR测序方法和RAD测序方法分别对样品进行测序获得样品的SSR图谱和RAD图谱；

B．在SSR图谱和RAD图谱中，分别确定标记在各scaffold上的物理位置，统计scaffold在连锁群上的分布，确定scaffold与连锁群的对应关系；