[发明专利]一种中华鳖微卫星分子标记及应用

说明书

技术领域

本发明属于水产动物遗传育种技术领域，具体涉及一种中华鳖微卫星DNA分子标记位点及其应用。

背景技术

中华鳖(Pelodiscus sinensis)，又称甲鱼、团鱼、水鱼，隶属爬行龟鳖目(Testudinata)，鳖科(Tironychidae)，中华鳖属(Pelodiscus)，是我国淡水特种水产养殖产品之一，广泛分布于我国除西藏、青海和新疆外的其他地区，国外主要在朝鲜、日本和越南有分布(黄雪贞等，2012)。20世纪90年代至今，中华鳖养殖业发展过程中存在养殖场相互引种及外来鳖种涌入的问题，致使当前中华鳖种质混杂。为保障中华鳖养殖业的健康发展，在湖南长沙、安徽蚌埠、山东广饶、江西鄱阳湖等地相继建立了中华鳖原种场、良种场。

微卫星(SSR)标记，其特点是含1～6个碱基的核心单元串联重复的核心序列，核心序列侧翼序列是相对保守的单拷贝。SSR的优点包括：数量丰富，分布均匀；各SSR位点有特异性引物，扩增结果重复性好。微卫星在不同物种间的含量和分布不同，存在差异(Toth et al.，2000)，并且主要分布在非编码区。其序列长度与核心序列重复次数相关，变异与核心序列的重复次数呈正比。微卫星两端的序列多为保守的单拷贝序列，可据此设计特异性引物，通过PCR技术扩增获得相应序列，经PAGE分析，获得不同基因型个体的多态性。选用微卫星标记对中华鳖种质资源进行保护和合理开发、分子标记辅助育种等具有重要意义。

发明内容

本发明的目的是提供一种中华鳖微卫星分子标记及应用，从中华鳖EST序列中筛选出17个具多态性的中华鳖的微卫星位点，以及相应的引物，为中华鳖的种群遗传学多样性分析及分子标记辅助育种技术提供有效的工具。

为达上述目的，本发明采用的技术方案是：一种中华鳖微卫星分子标记，所述分子标记选自如SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：17所示的核苷酸序列。

本发明还提供上述17个微卫星分子标记位点上设计的引物对以用于PCR扩增，其中：

序列为SEQ ID NO:1的微卫星位点设计的引物对PS-1，其序列为：

PS-1 F：5’-TTCCCAGGCTTTAACCAAGAGG-3’，SEQ ID NO：18；

PS-1 R：5’-GCAACAATATGACAGCGACACT-3’，SEQ ID NO：19；

序列为SEQ ID NO：2的微卫星位点设计的引物对PS-2，其序列为：

PS-2 F：5’-CCTCTCAGGTTTGTAATTTGCCATT-3’，SEQ ID NO：20；

PS-2 R：5’-AACACATTGCCATCTCCTCAGT-3’，SEQ ID NO：21；

序列为SEQ ID NO：3的微卫星位点设计的引物对PS-3，其序列为：

PS-3 F：5’-AGCATGTGGTACTGATGTGTAG-3’，SEQ ID NO：22；

PS-3 R：5’-ACTGTCATACATTCGCTAGTGA-3’，SEQ ID NO：23；

序列为SEQ ID NO：4的微卫星位点设计的引物对PS-4，其序列为：

PS-4 F：5’-GCTCTACACCTTCCACCTTGTT-3’，SEQ ID NO：24；

PS-4 R：5’-GGGTGAAGACTCTGATGGGTAG-3’，SEQ ID NO：25；

序列为SEQ ID NO：5的微卫星位点设计的引物对PS-5，其序列为：

PS-5 F：5’-TGTATCATTCCTGTGCTGTA-3’，SEQ ID NO：26；

PS-5 R：5’-GCAATTCTGTCGTGTGAG-3’，SEQ ID NO：27；

序列为SEQ ID NO：6的微卫星位点设计的引物对PS-6，其序列为：

PS-6 F：5’-TCCGCCATGATCGAGAAGAAT-3’，SEQ ID NO：28；

PS-6 R：5’-CCTGTCCATCAATCACACTGAG-3’，SEQ ID NO：29；