[发明专利]一种在大规模集群中调度Materials Studio并行计算的方法

说明书

技术领域

本发明涉及计算机技术领域，特别涉及一种在大规模集群中调度Materials Studio并行计算的方法。

背景技术

随着信息化社会的飞速发展，人类对信息处理能力的要求越来越高，不仅石油勘探、气象预报、航天国防、科学研究等需求高性能计算机，而金融、政府信息化、教育、企业、网络游戏等更广泛的领域对高性能计算的需求迅猛增长。当然，要进行高性能计算除了更高速的网络以及更高性能的服务器，应用软件与高性能集群的有效搭配也是必须的。

Materials Studio是专门为材料科学领域研究者开发的一款可运行在PC上的模拟软件。可以解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题。它的跨平台性使化学及材料科学的研究者们能更方便地建立三维结构模型，并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。

虽然Materials Studio有支持多种操作平台的优点，然而其大多时候还是被用在Windows系统或者小型的工作站上，这其中除了用户对Linux系统的不熟悉外，主要是因为在大规模集群中目前并没有一种统一的行之有效又灵活的调度方式让用户能够轻松的提交管理作业。而且对于集群的管理人员，由于Materials Studio安装方式的特殊性，也不能很好的对不同用户提交的作业进行管理，监控及记账。随着科技的日新发展，人们对高性能计算的要求也逐步提高，Materials Studio作为材料科学领域不可或缺的软件，实现其在大规模计算集群上的部署及应用是必然的。

对于Materials Studio软件，当前大多数用户主要有以下两种使用方式。

1、单机使用，只安装在独立PC机上，直接单机计算。优点是安全性高，操作简单，缺点是单机性能较低，运算时间长，运算结果占用空间大，而且运算时用户不能关机也影响用户在该PC机上的其他操作。

2、使用Materials Studio Windows客户端提交作业，通过选择合适的远程服务器提交作业计算。优点是计算速度快，缺点是作业状态对客户不可见，用户只能通过Web界面对作业进行管理，如果是大规模集群，用户数量多，都用一个公用ip的话肯定会有性能上的影响。而且对于集群管理员来说，对Materials Studio用户的管理工作也成了一份十分伤神的负担。

发明内容

本发明为了弥补现有技术的缺陷，提供了一种方便实用的在大规模集群中调度Materials Studio并行计算的方法。

本发明是通过如下技术方案实现的：

一种在大规模集群中调度Materials Studio并行计算的方法，其特征在于包括以下步骤：

a）在电脑终端上新建用户1，并设置该用户的ssh无密码访问及环境变量；

b）配置好NFS服务以及nis服务实现对集群用户的统一管理；

c）编译安装openmpi并在/etc/bashrc里指定其环境变量；

d）安装Torque+maui作业调度软件；

e）切换为用户1完成对Materials Studio 6.1软件的安装；

f）开启Gateway并将其设置为开机启动；

g）将如下用户1.sh文件放入用户1的家目录下的Accelrys下，此目录为Materials Studio的默认安装目录；

h)编辑pbs脚本，并为每个需要使用MS软件的用户建立账户配置好并行环境，并将其加入到用户1的组内，最后使用test测试。

所述电脑终端操作系统为Windows，软件工具包括Materials Studio 6.1，Xmanager Enterprise 4。

本发明的有益效果是：本发明通过相关配置，使用openPBS作业调度软件能实现在大规模Linux集群中对Materials Studio作业进行统一调度；对用户来说，只需要用qsub命令提交作业，计算和存储都在集群中，方便；对集群管理员，能够达到对使用该软件用户可见可管可控的目的，省心。

附图说明

下面结合附图对本发明作进一步的说明。

附图1为本发明方法流程示意图。

具体实施方式

附图为本发明的一种具体实施例。该在大规模集群中调度Materials Studio并行计算的方法，物理环境为：

硬件架构：1台电脑终端

操作系统：Windows

软件工具：Materials Studio 6.1，Xmanager Enterprise 4