[发明专利]诊断传染病病原体及其药物敏感性的方法

权利要求书

1.一种确定病原体的药物敏感性的方法，所述方法包括：

提供包含病原体的样品；

使所述样品与一种或多种试验化合物接触以提供试样；

在将信使核糖核酸(mRNA)自病原体释放进入试样的条件下处理所述试样；

将所述试样暴露给包含多个探针子集的多种核酸探针，其中各子集包含与靶mRNA特异性结合的一种或多种探针，与抗药性生物相比，所述靶mRNA在对试验化合物敏感的生物中差异表达，其中所述暴露在使探针和靶mRNA之间的结合可发生的时间内和条件下进行；

确定探针与靶mRNA之间的结合水平，从而确定靶mRNA水平；和

将存在试验化合物时的靶mRNA水平与参考水平进行比较，其中所述靶mRNA水平相对于靶mRNA参考水平的差异表明所述病原体对试验化合物是敏感的还是抗性的。

2.权利要求1的方法，其中所述试验化合物为针对病原体的已知或潜在治疗。

3.权利要求1的方法，其中所述方法包括使样品与两种或更多种试验化合物接触。

4.权利要求1的方法，其中使所述样品与一种或多种试验化合物接触达少于4小时。

5.一种鉴定传染病病原体的方法，所述方法包括：

提供来自疑似被病原体感染的受试者的试样；

在释放信使核糖核酸(mRNA)的条件下处理所述试样；

将试样暴露给包含多个探针子集的多种核酸探针，其中各子集包含与靶mRNA特异性结合的一种或多种探针，所述靶mRNA唯一地鉴定病原体，其中所述暴露在使探针和靶mRNA之间的结合可发生的时间内和条件下进行；和

确定探针与靶mRNA之间的结合水平，从而确定靶mRNA水平；

其中试样相对于参考样品在靶mRNA方面的增加，表明试样中病原体的身份。

6.权利要求1或5的方法，其中所述试样选自痰、血、尿、粪便、关节液、脑脊液和子宫颈/阴道拭子。

7.权利要求1或5的方法，其中所述试样包含多种不同的传染病病原体或非致病生物。

8.权利要求1或5的方法，其中所述一种或多种核酸探针选自表2。

9.权利要求1或5的方法，其中所述病原体为细菌、真菌、病毒或寄生虫。

10.权利要求1或5的方法，其中所述病原体为结核分枝杆菌。

11.权利要求1或5的方法，其中所述mRNA在与探针接触之前为粗制的。

12.权利要求1或5的方法，其中所述方法不包括扩增mRNA。

13.权利要求1或5的方法，其中所述方法包括以酶法、化学法或机械法裂解细胞。

14.权利要求1或5的方法，其中所述方法包括微流体装置的使用。

15.权利要求1或5的方法，其中将所述方法用于监测病原体感染。

16.权利要求1的方法，其中所述病原体在来自受试者的样品中。

17.权利要求5或16的方法，其中所述受试者为人。

18.权利要求5或16的方法，其中所述方法进一步包括确定或选择用于受试者的治疗，以及任选给予受试者所述治疗。

19.一种选择用于受试者的治疗的方法，所述方法包括：

任选用以下方法鉴定来自受试者的样品中的病原体，所述方法包括：

提供来自疑似被病原体感染的受试者的试样；

在释放信使核糖核酸(mRNA)的条件下处理所述试样；

将试样暴露给包含多个探针子集的多种核酸探针，其中各子集包含与靶mRNA特异性结合的一种或多种探针，所述靶mRNA唯一地鉴定病原体，其中所述暴露在使探针和靶mRNA之间的结合可发生的时间内和条件下进行；和

确定探针与靶mRNA之间的结合水平，从而确定靶mRNA水平；

其中试样相对于参考样品在靶mRNA方面的增加，表明试样中病原体的身份；

利用权利要求1的方法确定病原体的药物敏感性；

以及选择所述病原体对其敏感的药物用于治疗受试者。