[发明专利]一种与仔猪腹泻相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域：

本发明属于猪的分子生物学技术及育种领域，具体是涉及一种与仔猪腹泻率相关特征的SNP遗传标记及其应用方法。

背景技术：

我国是世界第一养猪大国，年出栏猪约占全球一半左右。与此同时，我国的猪病多而泛滥，每年给养猪业造成巨大损失，严重影响着养猪业的发展。仔猪腹泻是猪病中最常见的疾病之一，猪的死亡率主要发生于初生阶段，若能降低仔猪腹泻率，无疑具有重大的经济效益。

本申请人在前期多个科研项目的资助下，在猪的全基因组范围内初步筛选影响仔猪腹泻的候选基因，猪鼠色信号蛋白(ASIP)就是其中之一。众所周知，ASIP基因对于有机体色素从深的真黑素转化为浅的表黑素具有重要作用。据报道，ASIP及其神经肽同类物与鼠色相关的蛋白还参与能量平衡，paracrine信号分子的黑素受体的亚单位具有明显的反兴奋作用。ASIP在小鼠中广泛分布和表达，可导致动物的表现包括相同的黄皮、肥大、超重以及类似于人II型糖尿病的代谢紊乱等。这些报道表明ASIP基因对于机体有着广泛、复杂的影响，当然也有可能与腹泻有关。

目前没有关于猪ASIP基因与仔猪腹泻相关性的研究报道。

发明内容：

本发明的目的是针对上述现有技术的不足，提供一种与仔猪腹泻率相关特征的SNP遗传标记及其应用方法。

一种与仔猪腹泻相关的SNP标记，DNA序列如SEQ ID NO.1所示；所述序列中的第98个碱基呈现T或G的多态性。所述的多态性导致所编码的氨基酸为亮氨酸或缬氨酸。

扩增所述的与仔猪腹泻相关的SNP标记的引物对的序列如下：

正向引物：5'-ctcgcctcctcttagctacc-3'，

反向引物：5'-ctgtgccaccttcttcatcg-3'。

所述的与仔猪腹泻相关的SNP标记用于筛选或者选育仔猪腹泻率低的品种。

本发明确定的SNP标记序列即ASIP基因序列，其DNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。该序列的第98碱基处有一个碱基突变T98-G98。该突变导致所编码的氨基酸发生改变，而且仔猪腹泻率高的为亮氨酸(L)，仔猪腹泻率低的为缬氨酸(V)。DNA所编码的氨基酸序列图如SEQ ID NO.2所示。

利用本发明的SNP标记进行筛选检测，具体包括如下步骤：

(1)根据GenBank中猪ASIP基因的mRNA序列，用Primer5.0设计引物，覆盖该基因部分编码序列；

(2)获取猪基因组DNA，并以此为模板，PCR扩增，产物纯化，克隆，获得如序列表SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；

(3)鉴定该基因序列的第98碱基处是否存在多态性。

所述引物为：正向引物：5'-ctcgcctcctcttagctacc-3'，

反向引物：5'-ctgtgccaccttcttcatcg-3'。

上述步骤(3)中ASIP基因序列第98碱基处的多态性是指一个碱基突变为T或G。

将上述序列翻译为氨基酸序列，结果表明该突变导致所编码的氨基酸发生改变，亮氨酸(L)突变为缬氨酸(V)。且该突变与仔猪腹泻率存在相关，仔猪腹泻率高的为亮氨酸(L)，仔猪腹泻率低的为缬氨酸(V)。

本发明采用PCR与DNA测序结合的方法首先筛选出ASIP基因为仔猪腹泻的相关基因，继而从猪ASIP基因上筛选到与性状相关的SNP，并且通过生产实践验证确定ASIP基因为仔猪腹泻相关基因，筛选的SNP为与之相关的SNP。本发明筛选的猪ASIP基因的SNP可作为低腹泻率仔猪品种辅助选择的遗传标记，从而培育出腹泻率更低的猪，具有极其重大的应用价值和经济效益。

附图说明：

图1为猪ASIP基因部分序列的PCR-SSCP电泳图。

具体实施方式：

下面结合具体实施例对本发明作进一步地解释，但具体实施例并不对本发明做任何限定。

实施例1猪相关基因SNP筛选

选择相同日龄的健康商品仔猪300只进行试验，所有初生仔猪打上耳标后，用肠毒素大肠杆菌感染，观察3天内仔猪腹泻情况，并记录每头猪的腹泻情况。分别提取其基因组DNA。对每头猪采集血样，提取DNA后进行扩增、测序；确定每头猪的SNP类型。