[发明专利]组合物及其在序列测定和变异检测中的用途

说明书

本发明提供了一包含探针的组合物、该组合物的用途、CNV变异检测方法以及同时进行多种变异检测的方法以及用以执行各方法全部或部分步骤的装置。所提供的组合物包含探针，探针固定在固相载体上或者游离于溶液中，所说的探针至少能够覆盖以下15个基因中的5个基因的每个基因区域的至少一部分：HBA1、HBA2、HBB、GJB2、SLC26A4、SMN1、DMD、GALT、PAH、F8、F9、ATP7B、CYP21A2、GAA和PKHD1。该组合物能够用于这15个基因的全部或部分序列的测定，以及基于获得的测定序列进行变异分析，分析变异利于检测或者辅助检测12种我国高发遗传病。

技术领域

本发明涉及生物医学领域，具体地，本发明涉及一包含探针的组合物及其用途、CNV变异检测方法以及同时进行多种变异检测的方法及装置。

背景技术

我国是一个出生缺陷高发国家，根据卫生部最新统计，每年新增出生缺陷数约90万例(占全国1600万出生人口总数的5.6％)，其中30％在出生前后死亡，40％造成终生残疾，只有30％可以治愈或纠正。出生缺陷对我国经济每年造成千亿损失，如我国每年仅仅因神经管缺陷造成的直接经济损失超过2亿元、每年新出生的唐氏综合征生命周期的总经济负担超过100亿元、新发先天性心脏病生命周期的总经济负担超过126亿元。出生缺陷正成为我国婴儿死亡的主要原因(占总死亡率的19％)、儿童残疾的重要原因和医疗卫生系统的巨大负担。孕前遗传检测及推广是有效预防及减少以上数据的方式。

近年来新一代超高通量测序技术及目标区域捕获技术发展，突破了当前孕前遗传检测在单基因、小人群中进行的局限。

发明内容

本发明一方面提供了一个组合物，该组合物包含探针，所述探针固定在固相载体上或者游离于溶液中，所述探针至少能够覆盖以下15个基因中的5个基因的每个基因区域的至少一部分：HBA1、HBA2、HBB、GJB2、SLC26A4、SMN1、DMD、GALT、PAH、F8、F9、ATP7B、CYP21A2、GAA和PKHD1。这15个基因，与12种我国高发遗传病相关，包括地中海贫血(α、β/HBA1、HBA2、HBB)，遗传性耳聋(GJB2、SLC26A4)，脊髓性肌肉萎缩症(SMN1)，丙尿酮症(PAH)，糖原累积病II型(GAA)，半乳糖血症(GALT)，甲型血友病(F8)，乙型血友病(F9)，肝豆状核变性(ATP7B)，先天性肾上腺皮质增生症(CYP21A2)，进行性假肥大性肌营养不良(DMD)，常染色体隐性多囊肾(PKHD1)。至少一部分，比如各基因的外显子区域、和/或基因与外显子相连的上下游30bp的内含子区域，和/或全基因区域，利于后续与该基因相关的单核苷酸突变、结构变异以及剪切突变的检测。

本发明的另一方面提供了上述组合物在测定以下15个基因中的至少5个基因的每个基因序列的至少一部分中的用途：HBA1、HBA2、HBB、GJB2、SLC26A4、SMN1、DMD、GALT、PAH、F8、F9、ATP7B、CYP21A2、GAA和PKHD1。获得序列后，可用于进一步序列变异检测，确定变异类型利于检测或者辅助检测上述疾病。

本发明的另一方面还提供了一种检测CNV的方法，该方法包括：A.对待测样本进行目标区域捕获，对所述目标区域进行测序，获得测序数据；B.将所述测序数据与参考序列进行比对，获得比对结果；C.设定滑动长度L1和窗口大小L2对所述目标区域进行切分，获得多个窗口，基于所述比对结果，计算每个窗口的测序深度，依据所述每个窗口所在的窗口大小和/或所在的滑动长度区域大小确定每个窗口的平均测序深度，所述多个窗口的长度总和覆盖所述目标区域的一部分、全部的一次或者全部的多次，所述每个窗口的测序深度为比对上该窗口的测序数据的量与该窗口大小的比值；D.判断所述窗口与对照样本的相应窗口的平均测序深度的差异程度，差异显著则判定存在所述CNV；其中，A是利用本发明一方面提供的组合物进行的，L1和L2为自然数，L1和L2为定值或者为变化数值。