[发明专利]一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法有效
申请号: | 201410491666.1 | 申请日: | 2014-09-23 |
公开(公告)号: | CN104298891B | 公开(公告)日: | 2017-11-21 |
发明(设计)人: | 李敏勇;周育斌;杜吕佩 | 申请(专利权)人: | 山东大学 |
主分类号: | G06F19/16 | 分类号: | G06F19/16 |
代理公司: | 济南圣达知识产权代理有限公司37221 | 代理人: | 杨琪,崔苗苗 |
地址: | 250061 山*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 crac 通道 免疫 药物 虚拟 筛选 方法 | ||
1.一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)获取CRAC通道蛋白结构数据,构建同源模型;
(2)确定活性中心,设定活性口袋;
(3)根据设定的活性口袋,利用分子对接软件,对小分子化合物库中的化合物进行对接打分;
(4)根据对接结果的排序,初步确定具有CRAC通道阻滞活性的化合物;
(5)对步骤(4)初步确定的化合物进行活性筛选,获得具有CRAC通道阻滞活性的先导药物;
(6)利用CRAC通道抑制剂为模板构建药效团模型,指导化合物的筛选及先导化合物的结构优化;
步骤(1)中,所述同源模型的构建方法为:
1)通过Uniprot数据库得到人类的CRAC通道蛋白的氨基酸序列;
2)通过使用Cobalt方法与PDB ID:4HKR2的黑腹果蝇CRAC晶体的氨基酸序列进行序列比对,两者的氨基酸序列一致性大于30%;
3)根据比对的结果,以与人类的CRAC通道蛋白具有较高同源性的黑腹果蝇CRAC晶体为模板,采用modeller 9.11作为同源建模软件进行建模,产生不同的模型;
4)根据打分对产生的模型进行评价,挑选最好的模型;选择DOPE、GA341、molPDF打分均衡的模型作为最优模型;
5)采用TIP3P水模型对选择的同源模型进行溶剂化,再利用AMBER 8软件的SANDER模块,在300K做500步以1.0ns为步长的分子力学最小化和分子动力学模拟,对选择的模型的能量及构象进行优化。
2.如权利要求1所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,利用Autodock软件进行blinddock,确定阳性药物与CRAC通道蛋白的结合位点,以此结合位点为中心设定活性口袋,用于对接。
3.如权利要求1所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(3)中,采用ChemGauss4打分函数对对接结果进行打分。
4.如权利要求1所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(6)中,所述药效团模型的构建方法为:选取骨架不同的CRAC抑制剂作为模板;使用Caesar方法产生不同构象;然后对不同构象产生药效团模型进行叠合,得到药效团模型。
5.如权利要求4所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(6)中,用于构建药效团模型的CRAC抑制剂为结构式如下的化合物:
6.权利要求1至4任一项所述的虚拟筛选方法筛选出的化合物在制备抗炎、抗免疫药物中的应用。
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