[发明专利]一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法有效

专利信息
申请号: 201410491666.1 申请日: 2014-09-23
公开(公告)号: CN104298891B 公开(公告)日: 2017-11-21
发明(设计)人: 李敏勇;周育斌;杜吕佩 申请(专利权)人: 山东大学
主分类号: G06F19/16 分类号: G06F19/16
代理公司: 济南圣达知识产权代理有限公司37221 代理人: 杨琪,崔苗苗
地址: 250061 山*** 国省代码: 山东;37
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摘要:
搜索关键词: 一种 crac 通道 免疫 药物 虚拟 筛选 方法
【权利要求书】:

1.一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,包括以下步骤:

(1)获取CRAC通道蛋白结构数据,构建同源模型;

(2)确定活性中心,设定活性口袋;

(3)根据设定的活性口袋,利用分子对接软件,对小分子化合物库中的化合物进行对接打分;

(4)根据对接结果的排序,初步确定具有CRAC通道阻滞活性的化合物;

(5)对步骤(4)初步确定的化合物进行活性筛选,获得具有CRAC通道阻滞活性的先导药物;

(6)利用CRAC通道抑制剂为模板构建药效团模型,指导化合物的筛选及先导化合物的结构优化;

步骤(1)中,所述同源模型的构建方法为:

1)通过Uniprot数据库得到人类的CRAC通道蛋白的氨基酸序列;

2)通过使用Cobalt方法与PDB ID:4HKR2的黑腹果蝇CRAC晶体的氨基酸序列进行序列比对,两者的氨基酸序列一致性大于30%;

3)根据比对的结果,以与人类的CRAC通道蛋白具有较高同源性的黑腹果蝇CRAC晶体为模板,采用modeller 9.11作为同源建模软件进行建模,产生不同的模型;

4)根据打分对产生的模型进行评价,挑选最好的模型;选择DOPE、GA341、molPDF打分均衡的模型作为最优模型;

5)采用TIP3P水模型对选择的同源模型进行溶剂化,再利用AMBER 8软件的SANDER模块,在300K做500步以1.0ns为步长的分子力学最小化和分子动力学模拟,对选择的模型的能量及构象进行优化。

2.如权利要求1所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(2)中,利用Autodock软件进行blinddock,确定阳性药物与CRAC通道蛋白的结合位点,以此结合位点为中心设定活性口袋,用于对接。

3.如权利要求1所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(3)中,采用ChemGauss4打分函数对对接结果进行打分。

4.如权利要求1所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(6)中,所述药效团模型的构建方法为:选取骨架不同的CRAC抑制剂作为模板;使用Caesar方法产生不同构象;然后对不同构象产生药效团模型进行叠合,得到药效团模型。

5.如权利要求4所述的一种以CRAC通道为靶点的抗炎、抗免疫药物的虚拟筛选方法,其特征在于,步骤(6)中,用于构建药效团模型的CRAC抑制剂为结构式如下的化合物:

6.权利要求1至4任一项所述的虚拟筛选方法筛选出的化合物在制备抗炎、抗免疫药物中的应用。

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