[发明专利]一种松树蜂特异性SS-COⅠ引物对及快速分子检测方法有效
申请号: | 201410498011.7 | 申请日: | 2014-09-25 |
公开(公告)号: | CN104232634B | 公开(公告)日: | 2018-11-20 |
发明(设计)人: | 陶静;骆有庆;任利利;石娟 | 申请(专利权)人: | 北京林业大学 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12Q1/6888 |
代理公司: | 北京国坤专利代理事务所(普通合伙) 11491 | 代理人: | 姜彦 |
地址: | 100083 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 松树 特异性 ss co 引物 快速 分子 检测 方法 | ||
1.一种松树蜂特异性SS-CO Ⅰ引物,其特征在于,其序列如下:
SNSSF1:5’-ATT CTG ACT CCT TCC TCC TGC TTT-3’
SNSSR1:5’-AGT GAT TGC TCC AGC AAG AAC A-3’。
2.一种松树蜂分子检测方法,其特征在于,利用权利要求1所述的松树蜂特异性SS-COⅠ引物对松树蜂及其他与松树蜂同域发生和同属近缘的树蜂类昆虫DNA进行PCR扩增,以检测松树蜂品种;松树蜂SS-CO Ⅰ特异性引物扩增体系的建立包括如下步骤:
步骤一、昆虫基因组DNA的提取;
步骤二、树蜂CO Ⅰ基因序列的通用引物扩增;
步骤三、近缘种多重序列对比及种特异性引物设计;
将步骤二所得通用引物扩增后的PCR产物进行双向测序,得到SS-CO Ⅰ引物序列,使用DNAstar对序列进行拼接,去除冗余序列,将序列结果在GeneBank中进行Blast序列比对;
根据5种树蜂的测序结果以及数据库中已公开的10种Sirex属树蜂的碱基序列进行对比分析,运用软件Primer Primer5.0软件设计松树蜂特异性SS-CO Ⅰ引物:
SNSSF1:5’-ATT CTG ACT CCT TCC TCC TGC TTT-3’
SNSSR1:5’-AGT GAT TGC TCC AGC AAG AAC A-3’;
步骤四、松树蜂SS-CO Ⅰ特异性引物扩增体系的建立优化;
PCR扩增反应使用GreenMaster Mix试剂盒,除采用SS-CO Ⅰ特异性引物外,反应体系与CO Ⅰ基因序列扩增体系相同,扩增的程序为:94℃预变性2min,94℃变性30s,53℃复性30s,72℃延伸1.5min,35个循环;最后72℃延伸10min,每次反应用无菌蒸馏水做一个空白对照,用以排除系统误差,取3μl产物上样到1.5%TAE琼脂糖凝胶上,经130V电泳20min后,将胶块浸泡于EB染料中3min,在紫外分光光度计下检测拍照。
3.根据权利要求2所述的松树蜂分子检测方法,其特征在于,所述步骤一的具体操作步骤为:
(1)将在纯酒精中浸泡的标本用超声波仪器清洗干净晾干后,成虫去头和鞘翅,幼虫取其腹部组织;取<50mg的组织于研钵中充分研磨,置于1.5ml的离心管中;
(2)向离心管中加入350μ l 的Buffer ITL与25μ l 的25mg/ml蛋白酶K,充分混匀后置于60℃恒温水浴锅两个小时直到组织完全被消化;
(3)在离心管中加入350μl按体积比氯仿:异戊醇=24:1的混合液缓慢混匀,在室温,10,000转速下离心2min,并小心的将上清液转移到新的干净的1.5ml离心管中;
(4)加入1倍体积的Buffer BL与5μl的RNase A,缓慢混匀,70℃水浴半小时;
(5)室温下加入1倍体积的无水乙醇,缓慢混匀;
(6)将前一步的溶液和絮状沉淀700μl 加入吸附柱内,吸附柱安放于收集管内,10,000×g室温下离心1min,移除废液,吸附柱重新置于收集管内;如此时仍有剩余混合液则重复离心;
(7)将吸附柱重新置于新的收集管内,加入500μl的Buffer KB,10,000×g室温下离心30s,移除废液,吸附柱重新置于收集管内;
(8)加入600μl的DNA Wash Buffer,10,000× g离心30s,移除废液,吸附柱重新置于收集管内;
(9)重复第8步,将吸附柱置于新的收集管内,在吸附柱的盖子打开的条件下,13,000×g室温离心2min,后置于室温下数分钟,使酒精充分挥发;
(10)将吸附柱置于新的1.5ml离心管中,向吸附柱中间部位悬空加入30μl的ElutionBuffer,Elution Buffer在60℃—70℃条件下预热,室温放置2分钟,在13,000×g下离心2min;
(11)重复第10步,以便提高产量。
4.根据权利要求2所述的松树蜂分子检测方法,其特征在于,所述步骤二及步骤四中,PCR扩增反应体系为:使用GreenMaster Mix试剂盒,总体系为25μl,包括:2×GOTaq GreenMaster Mix 12.5μl、两种引物各1μl、DNA模板1.5μl、ddH2O 9μl。
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