[发明专利]CACNA1E突变基因及其检测方法和应用

权利要求书

1.一种CACNA1E突变基因，其中所述CACNA1E突变基因的至少一个突变位点位于c.C356A、c.C507T、c.C535A、c.G746T、c.G823T、c.G1054T、c.G1173T、c.G1276T、c.G1637T、c.G2315T、c.G2385T、c.G2552T、c.C2773A、c.T3038A、c.G3981T、c.G4303A、c.G4994T、c.G5608T、c.C5825A、c.G6037T、c.C6871A、c.C6862A、c.G6865T、c.A6515G、c.C253A；

优选地，所述突变位点还位于c.A6515G，其中所述CACNA1E突变基因为Hela细胞系中的突变基因；

优选地，所述突变位点还位于c.C356A，其中所述CACNA1E突变基因为LXA-07细胞系中的突变基因。

2.一种检测如权利要求1所述的CACNA1E突变基因的方法，所述方法通过全基因组深度测序法或毛细管电泳测序法确定突变基因。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述突变位点定位于Ion_trans结构域、PKD_Channel结构域、Ca_chan_IQ结构域和/或其它他非功能区；

优选地，所述核苷酸突变位点至少具有以下的一种或多种：c.C356A、c.C507T、c.C535A、c.G746T、c.G823T、c.G1054T、c.G1173T、c.G1276T、c.G1637T、c.G2315T、c.G2385T、c.G2552T、c.C2773A、c.T3038A、c.G3981T、c.G4303A、c.G4994T、c.G5608T、c.C5825A、c.G6037T、c.C6871A、c.C6862A、c.G6865T、c.A6515G、c.C253A；

进一步优选地，所述突变位点还位于c.A6515G、c.C253A。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其中，所述方法通过毛细管电泳测序法确定突变基因，包括以下步骤：

1)对CACNA1E基因的每个外显子设计特异性PCR引物，并进行PCR扩增；

优选地，所述PCR产物大小控制在400-1200bp之间；

优选地，所述PCR引物的序列如SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:92所示；

2)PCR产物纯化后毛细管电泳测序检测，将得到的序列与UCSC网站中的CACNA1E的基因序列(GRCh37/hg19)比较，从而确定CACNA1E基因的突变位点；

优选地，所述方法还包括将得到的PCR产物按照正常的读码框进行翻译，以确定CACNA1E的突变位点。

5.一种用于检测如权利要求1所述的CACNA1E突变基因的试剂盒，所述试剂盒包括用于扩增CACNA1E突变位点的引物；

优选地，所述试剂盒还包括PCR扩增酶、缓冲液、酶切不同突变位点的相应的限制性内切酶；

优选地，所述PCR引物的序列选自SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:92所示的序列中的一种或多种。

6.一种用于干扰如权利要求1所述的CACNA1E突变基因表达的siRNA的组合；

优选地，所述siRNA的序列为

SEQ ID NO:93：5’-CCUCCGGCUUCUAAGAAUA-3’；(CACNA1E干扰1)

SEQ ID NO:94：5’-CGCCAUUUGAGUACAUGAU-3’(CACNA1E干扰2)。

7.一种用于干扰如权利要求1所述的CACNA1E突变基因表达的试剂盒，所述试剂盒包括如权利要求6所述的siRNA序列；

优选地，所述试剂盒中还包括PCR扩增酶及相应缓冲液。